铁死亡是一种由大量脂质过氧化物积累所驱动的调节性细胞死亡方式，与肿瘤发病密切相关，其调控机制尚不清楚。因此，深入理解肿瘤细胞抵抗铁死亡的分子机制，将为肿瘤治疗提供新策略。 2024年4月，武汉大学医学研究院、教育部免疫与代谢前沿科学中心、中南医院以及泰康生命医学中心团队在PNAS杂志上，发表“USP8-governed GPX4 homeostasis orchestrates ferroptosis and cancer immunotherapy”的研究成果。该研究揭示了USP8通过稳定谷胱甘肽过氧化物酶4（GPX4）来抵

分析方案 概述 用测试化合物（200μL/样品）制备细胞 添加Annexin V结合物测定溶液 室温孵育30-60分钟 用流式细胞仪或荧光显微镜分析 1.用膜联蛋白V缀合物制备和孵育细胞： 1.1制备膜联蛋白V结合测定缓冲液：10mM HEPES，140mM NaCl和2.5mM CaCl2，pH 7.4。 1.2用测试化合物处理细胞一段所需的时间（用星形孢菌素处理的Jurkat细胞4-6小时）以诱导细胞凋亡。 1.3离心细胞，得到1-5×105个细胞/管。 1.4将细胞重悬于200μL膜联蛋白V结合测定缓冲液中（来自步骤1.1）。 1.5在

1.膜联蛋白结合缓冲液（10X）简介和工作原理 膜联蛋白 V 结合缓冲液 * 10X 优化用于成像和流式细胞术* 是一种等渗缓冲液，用于促进使用膜联蛋白 V 偶联物标记凋亡细胞。 该缓冲液的 pH 值为 7.4，含有浓度的钙，可促进膜联蛋白 V 与凋亡细胞表面暴露的磷脂酰丝氨酸残基结合。 膜联蛋白 V 结合缓冲液 *10X 优化用于成像和流式细胞术* 以 10X 浓缩液形式提供。 在膜联蛋白 V 染色之前，我们建议使用蒸馏水将 10X 浓缩液稀释为 1X 工作溶液。 实验后，丢弃

基于HuProt蛋白组芯片筛选目的蛋白的互作蛋白技术服务蛋白组芯片是一种蛋白组通量的蛋白芯片工具，可以对目标样本进行蛋白组通量水平的结合蛋白谱检测和评价。HuProtTM v4.0蛋白芯片是目前世界上包含大蛋白库的蛋白组芯片产品。HuProtTM v4.0蛋白芯片包含>21000个蛋白，覆盖人蛋白组81%的蛋白。样本中的蛋白与蛋白芯片上的蛋白通过特异性结合作用，从而识别目的蛋白的互作蛋白特征谱，用于研究蛋白的相互作用网络，揭示生命活动的复杂机制。 蛋

RIP实验详细操作方法： 一、细胞裂解(对于单层细胞或贴壁细胞) 1.用10 mL冰冷的PBS洗涤培养瓶或平板上的细胞两次。 2.加入10 mL冰冷的PBS。从每个培养瓶或平板上刮下细胞，然后转移到离心管。 3.通过在4℃下以1500 rpm离心5分钟来收集细胞，并丢弃上清液。 4.在等体积的完全RIP裂解缓冲液中重新悬浮细胞颗粒。通过上下移液混合，直到细胞被分散，混合物呈现均匀。将裂解液放在冰上孵育5 min。这一步允许低渗RIP缓冲液膨胀细胞。将每个裂解液的~200 μL分

铁死亡（Ferroptosis）是一种铁离子依赖的，脂质过氧化积累导致的细胞破裂程序性死亡，是一种区别于细胞凋亡坏死的新型细胞死亡方式。靶向铁死亡是开发肿瘤精准治疗的重要路径。 2024年2月，美国哥伦比亚大学顾伟教授团队在Cell Metabolism杂志上，发表“PHLDA2-mediated phosphatidic acid peroxidation triggers a distinct ferroptotic response during tumor suppression”的研究成果，揭示了一种膜结合蛋白PHLDA2（Pleckstrin homology-like domain family A member 2）介导且不依赖于GPX4的新型铁

肝细胞癌（HCC）是原发性肝癌最常见的类型。HCC 的肿瘤干细胞（CSCs）是引发肝癌病变异质性和促进肿瘤复发、转移、治疗耐药的重要原因。因此，了解 CSCs 发生和发展的调控机制将为改善 HCC 患者预后提供机会。 2023年9月，中国医学科学院/北京协和医学院与同济大学团队合作在Nat Commun杂志上，发表“SCARB2 drives hepatocellular carcinoma tumor initiating cells via enhanced MYC transcriptional activity”的研究成果。该研究揭示SCARB2作为HCC的调节剂和潜在治疗靶点。 图形摘

专题（一）介绍转录因子与靶基因启动子、专题（二）介绍蛋白质与蛋白质的互作预测。本次介绍蛋白质与RNA互作。先上应用实操总结（同专题一/二总结类似，看过可忽略直接进入实操正文）： 优点：利用AlphaFold3预测蛋白与靶RNA互作，目前大概是生信预测类中最准确的方法。充分使用该工具，make it（互作机制研究） easier。建议结合其他生信分析网站，如catRAPID、RBPDB等网站（干实验数据），或充分整合自己项目的RIP-Seq互作组数据（湿实验数据），

Annexin V是一种高效的蛋白质，广泛应用于细胞生物学研究。它具有高亲和力，能够特异性地结合到外翻的磷脂酰丝氨酸（PS）上，这一现象在细胞凋亡早期阶段尤为明显。因此，Annexin V已成为检测细胞凋亡的标准工具。 荧光标记的Annexin V更是如虎添翼，通过与不同颜色的荧光染料结合，研究人员可以在流式细胞术和荧光显微镜等技术中，轻松、高效地检测和分析细胞凋亡。 Annexin V优点主要包括： 1. 高灵敏度和特异性：荧光标记的Annexin V能够准确识别

膀胱癌(BLCA)是泌尿系统最常见的恶性肿瘤之一，每年约有57万新发病例和21万例死亡。由于其易复发且需要持续监测和随访，是经济负担最高的癌症之一。因此，探索BLCA发生、发展的机制对寻找诊断和治疗方法至关重要。 2023年4月，武汉大学中南医院王行环教授团队在Nature Communications上发表了题为“DNA polymerase POLD1 promotes proliferation and metastasis of bladder cancer by stabilizing MYC”的最新研究成果。在体内和体外实验中证明了POLD1能够促进膀胱癌的增殖和转移，

比如1和0.69算是有显著差异吗、虽然是下调 还有就是问下基因表达量大于多少时为过表达，还是显著上调就算过表达呢

专题一介绍了转录因子与靶基因启动子互作，本次介绍蛋白质与蛋白质互作预测。先上应用实操总结（同专题一总结类似，看过可忽略直接进入实操正文）： 优点：利用AlphaFold3预测目的蛋白与候选蛋白互作，目前大概是生信预测类中最准确的方法。充分使用该工具，make it easier，会让互作机制研究会更容易些。建议结合其他生信分析网站，如PPI、BioGRID、IntAct，ComplexPortal等网站（干实验数据），或充分整合自己项目的CoIP-Mass或HuProt蛋白组芯片互作组数

直奔主题，先上应用总结： 优点：利用AlphaFold3预测转录因子蛋白与靶基因启动子DNA互作，目前大概是生信预测类中最准确的方法。充分使用该工具，会让互作机制研究会更容易些，make it easier，和基云的服务理念一致。建议结合其他生信分析网站，如JASPAR、hTFtarget等网站（干实验数据），或充分整合自己项目的ChIP-Seq互作组数据（湿实验数据），进行初步分析，然后再用AlphaFold3进行预测验证，将会提高互作机制研究的成功率。 缺点：AlphaFold3毕竟是基

生物复合物准确模型的建立对于细胞功能解析与药物设计至关重要。alphaFold 3(AF3)的出现改变了这一局面，它能够预测包括蛋白质、DNA、RNA、配体小分子、离子和修饰残基在内的复合物的联合结构。AF3的高精度预测能力将为我们更深入地理解细胞功能、合理设计治疗药物以及推动生物科学的发展提供有力的支持。 一、模型预测性能 1.蛋白-小分子配体结构预测准确性更高AF3还比各种单一任务模型表现出更高的性能(图1a)，包括蛋白-小分子、核酸、共价、

AlphaFold 2(AF2)的问世引发了蛋白质结构及其相互作用建模的革命，使得在蛋白质建模和设计领域有了广泛的应用。 Google DeepMind and Isomorphic Labs团队在5月8日Nature的最新论文“Accurate structure prediction of biomolecular interactions with AlphaFold3”描述了最新推出的AlphaFold 3 (AF3)模型，采用了一个大幅更新的基于扩散的架构，能够联合预测包括蛋白质、核酸、小分子、离子和修饰残基在内的复合物的结构。 新的 AlphaFold 模型在许多先前专门工具上显著提高了准确性：在

一篇稿子的命运，质量是录用的前提；而外审的客观评价，则是影响稿子录用的关键因素。外审认为孺子可教，那就会录用，外审认为朽木不可雕，那就不会录用，就是这么简单。 所谓的关系稿，和直投稿，道理是相通的。关系稿能加快或一定程度影响外审直接认为孺子可教，这并不完全客观，有主观干预成分。而直投，则需要寻找到认为孺子可教的杂志和外审，劣势在于需要更多时间，而优势也很明显，则是客观公正公开。 去伪寻真，不造神话，

1. 百萤iFluor 488-dUTP* 1mM的Tris缓冲液（pH7.5）*的应用 染料修饰的脱氧尿苷5'-三磷酸酯是通过常规酶掺入方法（例如反转录，缺口翻译，随机引物标记或PCR）生产染料标记DNA的常用方法之一。 这种酶促荧光标记方法广泛用于FISH探针和基于微阵列的实验。 该iFluor 488-dUTP缀合物与SpectrumGreen 滤光片组合一起用作绿色荧光（SpectrumGreen 是Vysis的商标）。 与常用的绿色探针（例如Fluorescein-12-dUTP）相比，iFluor 488提供了更明亮的信号，具有很高的光稳定性，并且

ChIP-Seq是一种检测细胞内蛋白/DNA互作组的高通量技术。该技术通过联合免疫共沉淀技术和DNA测序技术，对目的蛋白在特定细胞/组织内的互作蛋白/DNA，进行系统的检测和分析。该技术适用于目的蛋白在特定细胞/组织中的蛋白/DNA互作组数据检测，或用于不同遗传背景/实验条件下的互作组差异研究。因此，ChIP-Seq是研究细胞内蛋白/DNA互作调控网络的常规前置技术。 ChIP-qPCR是一种检测细胞内蛋白/DNA互作的靶向验证技术。该技术通过联合免疫共沉淀技术和qP

有没有大佬会做单倍型系统发育树的啊，小白求带，急

CoIP-Mass和CoIP-WB应用场景： CoIP-Mass：用于构建目的蛋白的蛋白互作组数据，或用于不同遗传背景/实验条件下的互作组差异。 CoIP-WB：用于验证目的蛋白和候选蛋白的相互作用关系，或用于不同遗传背景/实验条件下的互作变化。 CoIP-Mass是一种检测细胞内蛋白/蛋白互作组的高通量技术。该技术通过联合免疫共沉淀技术和质谱检测技术对目的蛋白在特定细胞/组织内的互作蛋白，进行系统的检测和分析。该技术适用于目的蛋白在特定细胞/组织中的蛋白互作

一．碘化丙啶简介 碘化丙啶（Propidium iodide）是一个小分子芳香化合物，通常在研究和开发中作为荧光核酸结合染料。PI通常用于区分活细胞与凋亡细胞和坏死细胞,因为它可以自由渗透死亡或损伤细胞膜,而不能进入正常活细胞。碘化丙啶能染色核酸，如DNA和RNA，因此可用作流式细胞仪、原位杂交和免疫组织化学应用中细胞膜完整性的指示剂。 在样品中加入碘化丙啶后，细胞膜可逆性损伤的细胞将发出红色荧光。通过这种方式，碘化丙啶能够快速且可

新手，不管是5微还是7.5微marker跑出来都很暗，然后点的样品5微，是不是没跑开，做几次还是这样，找不到原因

简介： 两个大分子间的共价结合,比如抗体与酶或者酶与DNA,是研究人员一项重要的任务。有几种方法可用于交联两种生物大分子。常用的一种方法是使用小型交连剂(如磺化-SMCC)。SMCC的一端有一个胺反应性NHS酯基团,可与蛋白质上的自由胺(-NH2)发生反应;另一端有一个硫基反应性的马来酰基团,可与待连接生物大分子上的硫基(-SH)发生反应。由于蛋白质通常包含自由胺和硫基两种官能团,SMCC修饰的连接剂极不稳定且容易自反应,导致大量同型交联反应。此外,

实验小白最近在做crispr的质粒的构建，用的是Dongdong Zhao构建的pRed_Cas9_∆poxB300单质粒，但现在有个问题解决不了，就是N20的插入。我看别人的插入都是在gRNA启动子之后和gRNA之前有两个酶切位点，通过双酶切来插入，但我这个质粒只有一个BglⅠⅠ酶切位点，求大佬告知怎样插入N20为好。谢谢大佬

如题，感谢感谢

5分钟学会如何设计PCR引物 查找目的基因序列并不能直接用于我们研究所用，因为查找到的基因序列只能算是基因的电子序列，并不是我们研究要用的现实中的序列，如何获得现实的基因序列呢？这就需要我们根据基因的电子序列来设计引物了，通过引物借助PCR方法才能获得我们的目的基因序列。接下来，我们将介绍一下PCR方法并讲述如何设计引物。 PCR（polymerasechainreaction），即聚合酶链反应，又称基因体外扩增技术，是由一对引物介导、能在体外对

细胞系和细胞株是细胞生物学中常用的两个概念，它们在研究细胞的生理、生化、遗传和分子生物学等方面起到了重要的作用。尽管两者相似，但实际上有明显的区别。 我们先来看看细胞系（cell line）的定义。细胞系是指从原始组织或细胞中通过培养和传代培养等方法获得的由同一种细胞组成的细胞群体。简单来说，细胞系是通过将原始细胞进行一系列培养和传代培养过程，使其能够持续增殖并具有某些特定的性质或表达某些特定的基因。 与细胞系

鸡红细胞悬液冻成块了还能用吗？

随着免疫治疗的深入发展，展示了其在肿瘤治疗方面的巨大应用前景，因此肿瘤免疫方向也成为近年来国自然项目申请的热点之一。然而临床应用上也面临着多种新挑战，肿瘤免疫逃逸、免疫应答效率等问题尤为突出。越来越多的研究表明，巨噬细胞在肿瘤免疫应答、免疫逃逸等方面发挥着重要作用。然而，巨噬细胞不仅存在着组织特异性，还有更加细的分类，本文就巨噬细胞在促进肿瘤进展、免疫逃逸方向做一下粗浅的思路，给没有做过巨噬细胞相

动物实验 在动物实验中，药物通常会以溶液（solution）或悬浮液（suspension）的形式给药。溶液是指两种或以上物质的均匀液体混合物，溶液中的成分不容易被分离；悬浮液指多种物质的多项液体复合物，通常有容易发生沉淀的固体颗粒分散在液体成分中。在动物给药时，溶液和悬浮液都可以作为溶剂使用，但是为了减少栓塞现象，静脉注射的时候必须保证基本无颗粒状态。 1、溶解度较好的水溶液 水溶液与动物的生理环境更为接近，动物实验中所给

载体4.4k，目的基因是易错pcr的产物1.4k，载体和目的基因都经过双酶切3个小时，然后胶回收，载体浓度10ng/微升，目的基因14ng/微升，之后按照物质的量比1:6进行连接，t4连接酶过夜，然后做转化，感受态是买的trans10，完全不长菌啊，求助

1、DAP-seq 在基因组水平上，鉴定转录因子的结合位点（transcription factor binding sites, TFBS）非常重要。ChIP-seq是进行体内检测TFBS的主要方法。然而，ChIP-seq依赖于抗体质量，这对低表达的蛋白质具有很大的挑战性。所以，ChIP-seq通常在规模上受到限制，难以进行高通量扩展。因此，只有少数转录因子可以获得结合位点信息，大量TFBS的覆盖范围仅适用于人类和一些模式生物。 DAP-seq具有与ChIP-seq同样的功能。通过体外蛋白表达技术，表达出带有标签的转录因

最近在做DAP-Seq，有没有大佬啊，小白求带

高灵敏度荧光的DNA定量试剂盒针对CytoCite和Qubit荧光分析仪进行了优化。DNA定量是用于各种基因组分析的DNA样品制备中非常重要的。 这种Portelite dsDNA定量试剂盒提供了一种使用手持式荧光分析仪使用Helixyte Green探针定量dsDNA的快速方法。 它针对Cytocite 和Qubit 荧光计进行了优化。 Portelite dsDNA定量分析线性超过五个数量级。 该测定法对RNA上的双链DNA（dsDNA）具有高度选择性，并且设计为对于25pg / uL至100ng / uL的初始样品浓度是准确的。 Helixyte Green在与dsDNA结

愁死了，提了两天了，天根试剂盒，海洋动物组织。

我设计一组基因的QPCR引物，使用primer5软件，分值啥的都还好，然后我去NCBI验证，出来的结果总是有两条或以上不同的基因完全匹配，而且完全匹配的基因我blast相似度也不是百分百，一般百分之九十四左右，我也不能确定是相同基因的不同版本。我怎么调参数都还是这死样子，请问有没有懂的人一般怎么解决这种问题啊 后面是我设计引物的界面和验证的界面

一.胱天蛋白酶Caspase8抑制剂Ac-TETD-CHO概述 半胱氨酸蛋白酶在细胞凋亡或程序性细胞死亡中是必需的，在发育和成年生活的大多数其他阶段，并且因其在细胞中的作用而被称为“刽子手”蛋白质。免疫系统中也需要一些半胱天冬酶用于淋巴细胞的成熟。细胞凋亡失败是肿瘤发展和自身免疫疾病的主要原因之一。半胱天冬酶也参与缺血和阿尔茨海默病。凋亡caspase有两种类型：引发剂和效应剂。 启动子半胱天冬酶（例如，CASP2，CASP8，CASP9和CASP10）切割效应

RT-qPCR rtpcr qpcr pcr 实时荧光定量pcr，设计引物、提取RNA、逆转录、RT-q PCR（可以做B标、标准曲线，也就是相对定量和绝对定量）。 引物设计+提取RNA+逆转录+RT全套服务

荧光定量 PCR 的主要用途之一是对RNA进行相对定量分析，而提到相对定量，必然离不开内参，那什么是内参基因？为什么相对定量必须使用内参基因？如何选择合适的内参基因？今天，小助手聊聊实验室遇到的内参那些事。 一、什么是内参基因？ 内参基因，也称为管家基因，即是内部参照，它们在各组织和细胞中的表达相对恒定，在检测基因的表达水平变化时常用它来做参照物。所以叫内参基因。其作用是校正上样量、上样过程中存在的实验误差，

WB：蛋白质印迹是生命科学实验中一项常见的分子生物学实验技术，原理为利用电泳（SDS-PAGE）分离蛋白质，接着将蛋白质转移到膜上，然后利用抗体进行检测的方法，通过分析条带大小和显色信号获得目标蛋白质在所分析的细胞或组织样本表达情况的信息。由于蛋白质进行电泳前进行加热变性，破坏了保持蛋白质二级和三级结构的氢键，并使蛋白质线性化，需使用识别线性抗原表位的抗体。因此WB抗体一般采用人工合成多肽作为抗原制备的抗体。 IF/IH

ATTO 532 NHS脂是一种基于罗丹明的荧光标记染料，具有高分子高消光系数和荧光量子产率（0.90）以及足够的斯托克斯位移（激发大532 nm，发射大值553 nm）。该染料还具有较好的光稳定性。它采用倍频Nd：YAG激光进行激励优化。ATTO 532 NHS酯用于标记含氨基的分子，如蛋白质，肽和氨基修饰的寡核苷酸。 图1.ATTO532 NHS脂是将ATTO染料与肽，蛋白质、抗体、氨基修饰的寡合苷酸或核算结合的最常用工具。NHS脂很容易与蛋白质的一级胺(R-NH2)、胺修饰的寡合苷酸和

课时1：第一节-SCI简介及写作顺序 课时2：第2节（上）-Figure and table课时3：第2节（下）-Figure and table 课时4：第3节-Figure legend课时5：第4节-Results 课时6：第5节-Introduction课时7：第6节-Discussion 课时8：第7节-The Methods课时9：第8节-Reference 课时10：第9节-Abstract课时11：第10节-Title 课时12：第11节-实在憋不出来怎么办课时13：第12节-SCI论文语法易错总结 课时14：第13节-SCI论文写作语句链接课时15.如何选刊 课时16.投稿须知Author Instruction解读（上）课时17.投稿须知Aut

低血清培养基中酚红的含量与普通培养基中的酚红含量不同，不能通过肉眼观察或通过经验来判定pH值，建议使用pH计进行测定。

1.百萤 胱天蛋白酶Caspase9荧光底物(Ac-LEHD)2-R110绿基本参数 Ex(nm) 500 Em(nm) 522 分 子 量 1403.41 溶 剂 DMSO 存储条件 在-15℃以下保存，避光防潮 2.百萤 胱天蛋白酶Caspase9荧光底物(Ac-LEHD)2-R110绿简介 胱天蛋白酶Caspase 9荧光底物(Ac-LEHD)2-R110 绿是美国AAT Bioquest生产的荧光底物，(Ac-LEHD)2-R110是Caspase 9的荧光底物。因为高纯的罗丹明110(R110)衍生底物被置于内酯的构型内，因此是无色的，也不发出荧光。在Caspase蛋白酶（天冬氨酸蛋白水解酶或胱冬肽酶）的作用下，切割R