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2是研0新生 有篇论文中生信部分读不懂 十五页的论文 大概有五六页 希望有个大佬教 价格200
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2大佬,入门机器学习可以看什么书呀。
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1请问Estimate生信技术适合血液肿瘤吗? 做免疫浸润的软件(Estimate等)适合分析血液肿瘤吗?TCGA里的血液肿瘤(急性粒细胞白血病)测序数据做免疫浸润,但是白血病的肿瘤细胞是原幼粒细胞,也属于免疫细胞,那immune score (肿瘤组织中的免疫细胞浸润)得出的结果会不会把肿瘤细胞算进去?同样肿瘤纯度计算会不会出错?
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1GEO下载下来细胞来源、组织来源的数据集样本可以合并成去分析吗?还是要单独每个数据集一起分析?
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0请问单因素生存分析工具中,最佳cut off是如何决定的? 单因素生存分析最佳阈值选取 请问单因素生存分析工具中,最佳cut off是如何决定的?也即如何确定变量的cut off使得两组的生存曲线分离最显著?能否提供相应的文献或链接以供学习?谢谢!
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0TCGA幻灯片和相对应的病理图像怎么下载? 我想下载肺癌的病理学图像和相对应的临床数据和表达数据,新手小白,哪位老师可以指点一下!感激不尽!
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0请问TCGA用lasso做预后模型,用GEO验证,结果验证组risk全是低风险组,是不是TCGA和GEO两个数据要先做处理,“统一”化?TCGA是从UCSC上下载的
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0geo数据库中的临床数据怎么下载 GEO 在看文献时发现一个数据集说是带有临床数据,但是我进去GEO中看了下并未找到
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0DEG分析可以控制混杂因素吗? 混杂因素 做差异表达基因(DEG)分析时,可以控制混杂因素嘛?方法是什么? WGCNA时,如何控制其他混杂因素对基因表达水平和临床特征关系的影响?
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0如何用R把TCGA 生存率里面days_to_death 这列数字变成T/F 0/1之类的状态形式
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01.利用机器学习构建模型; 2.在外部数据中如何验证。
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0WGCNA 想请教一下大家,做WGCNA分析的时候,结合肿瘤临床信息中的TNM分期,具体的T0-T4,赋值就是0-4吗?有些是Tx,Nx的,应该如何赋值呢?谢谢
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0芯片batch评估,sample太多,ggrepel包画pca图,画不下,如何解决?
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0TCGA简易下载工具得到TCGA_LIHC_Merge数据可以直接用来做GSEA分析吗?还是需要转化为TPM呢?谢谢!
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0我走hisat2+featurecounts+DESeq2得到count矩阵,对ensemble ID进行symbol转换时,存在多个ID对应一个symbol的情况,请问count矩阵应该怎么合并基因count表达值,有代码可以参考吗?
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0cytoHubba中Degree和MNC算法结果有可能相同吗? 利用cytoHubba做PPI分析的时候,导入string数据后利用12种算法寻找hub基因,其中Degree和MNC出来的结果一样,请问这是可能出现的吗?
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1听说生信要进行大量数据分析,所以是不是对处理器要求高。生信对显卡有要求吗?需要用GPU加速吗?
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1想请教一个问题,我们组分别送了两次蛋白组测序,正常和肿瘤的,分别检测3000多个蛋白和2000多个蛋白,差异分析的时候我是应该取两次测序共有的蛋白做分析吗
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5求助一下,就是小白怎么才能入门,自学了好久了感觉还是一头雾水,没有效率
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0伙伴们,有没有人遇到报错Error in Ops.data.frame(guide_loc, panel_loc) : ‘==’ only defined for equally-sized data frames
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0xdm请问你们做数据分析得时候遇到特别离谱得离群值会去掉吗,刚刚想做tmb分析,发现一个病人的tmb比其他病人高出太多了,就是因为这一个值导致画出来的图都怪怪的
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0xdm请问单细胞一开始跑了harmony去批次 后面提取亚群的时候应该不用跑了吧
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0我有个问题,这个 normal 和 cancer 需要 combat 吗?这样会不会消除了一些本该有的差异?