赵舒翘的学术思想和法治观念在学术思想上，他自谓“好学程朱”。他把程朱理学当为维系人心世道的灵丹妙药、衡量一切事物是非的惟一标准。曾这样肯定程朱理学：“宋学（即程朱理学）圣学也，天理民彝非此不立，纪纲法度非此不行，诸子百家之说非此不足以辩是非而定邪正。学不从此入，犹欲为方圆而不规矩，称量万物而无权衡也。”他甚至把一个时代的兴亡都同统治者是否重视程朱理学联系在一起。认为明代的衰亡就是因为“变宋学而讲王学”（王阳明的主观唯心主义——“心学”），这和清初理学家陆陇其的说法——正学是明朝灭亡之学、祸害天下之学的说法如出一辙。这当然是十足的唯心历史观。
    什么是程朱理学？程，即指宋儒程颢、程颐兄弟；朱，宋儒朱熹，都是客观唯心主义哲学家。他们的哲学思想集中到一点就是“理”。认为世界上一切事物都源于“理”、“气”。“物”都从属于“理”，没有“理”就没有世界；而“太极”则是理的最高境界，是“理”的集中和概括。每个人生来就具有自己的天“理”，因此应该守“理”，只有如此天地万物才能永远协调。

    赵舒翘对宋代朱熹、吕祖谦的《近思录》、明代薛瑄的《读书录》、清初陆世仪的《思辩录》以及倭仁的《倭文端公遗书》这些理学论著奉为经典，爱不释手。以曾国藩、胡林翼等作为自己为官的楷模，把他们著作中的所谓名言手抄成帙，作为从政的准则，并用以激盛和鞭策自己。

    赵舒翘很讲求自我修养。他认为人们心境烦扰的病根“总不离色欲、货财、名位、子孙、生死者。”并作“五箴”书于座，做为修身寡欲之戒。他还有养身之道“眠箴”，、“食箴”和性德修养的七字箴（和、诚、敬、义、动、静、默）。三十岁时他开始实行每日三次“内省”的所谓“课身”，有句云“身世何须苦费思，维持诚敬结天知。”

    学术思想上赵舒翘是一个忠于封建统治的典型的理学家。他的法治思想和时务观均根源于理学观念。

    赵舒翘长期任职刑部，为了维护封建统治，“治乱世用重典”是他的一贯主张。他认为“非峻法严刑难以震慑”，无峻法严刑“人必目无法纪，而后敢成群结伙谋为强盗，小则扰害闾阎，大则啸聚薮泽”。讯必实和重教化，是赵舒翘主张用重典的两个前提和基础。他认为，办案必须弄清事实真像，一定要做到“无枉无纵”，如遇情罪不符或实有冤抑者，应立即予以平反纠正，不得稍涉回护。他也正是由于坚决平反冤狱而敷政声的。

    讯必实和重教化是紧密相联的。重教化就是要使百姓通过一些严重案件受到感化。重教化的另一面是进行正面开导，他常“于听论之际，能够开导数言，以示风化”。目的在于使惩治和教育相结合，使群众懂得“守法”，从而认识封建法律的“威严”，树立它的“威信”。

    赵舒翘还认为封建法律的天职在于“诘奸除暴，察吏安民”，而其中“察吏”是关键，因为“吏”是“民”的直接上司，吏的品行的正邪直接影响“民情”，影响社会秩序。在法治领域里要做到讯必实、重教化、关键仍在“察吏”。他主张对司法官吏必须严格审核，择优擢用。对于那些被他称为“蠹役”、“衙蠹”和大小贪官污吏深恶痛绝，主张严加惩处。通过“察吏”巩固封建统治并使百姓感到清朝统治者的“深仁厚泽”、“皇恩浩荡”，自觉服从封建统治。然而，尽管赵舒翘在这方面作了许多设想和努力，但是已经腐朽的清朝统治机体已无法同他的主观愿望相吻合。

    赵舒翘的法制观念是受他理学思想制约的，维护封建伦理道德是其法制观念的特色。同样，他的时务观也受到理学思想的约束，因而在这个问题上他不可能成为一个明达的有识之士，只能属于守旧派。正因为如此，后来虽供职总署，但并无建树。