明应之变不仅让10代将军足利义稙流落出京，也促使幕府内的管领政治达到高潮。明应八年1499 7月11日，细川政元派遣军队烧毁了反对自己的比睿山延历寺，9月，幕府军击败了畠山军。通过一系列军事行动，细川政元巩固了以管领为中心的政权体系。细川政元在幕府中可谓一手遮天，以至于获得了“半将军”的诨名，把持管领位置长达20年之久。但对于较为琐碎的幕府政务，细川政元则没有参与太多，而是一直在修炼所谓“修验道”。修验道是日本古代的山岳信仰（自然崇拜）与佛教进行融合后的一种宗教派别，其信徒认为，如果在山岳中进行艰苦的修行，最终能够悟道并获得超自然的“验力”，用这种验力可以拯救众生。教派规定，修炼者不可接近女色，因此细川政元并无妻子儿女。早在延德三年1491 2月13日，细川政元便将公卿九条政基的儿子聪明丸预订为养子，文龟二年1502 9月，聪明丸正式作为养子加入细川家，改名细川澄之。文龟三年1503 5月，细川政元又从阿波守护细川义春那里过继了细川澄元作为家督候选人，废黜了细川澄之的嗣子地位。此外，细川政元还将野洲细川家的细川高国过继为养子。3位养子围绕着嗣子之位展开了争夺。细川胜元、细川政元父子属于细川宗家，世代都有资格继任管领，由于宗家的家督都会世袭右京大夫这一官职，细川宗家又以右京大夫的唐朝中国官名“右京兆”而被称为京兆家。细川宗家、庶家本来很团结，但由于宗家的细川胜元迎娶了山名宗全的女儿，庶家却对山名家非常反感，因此宗庶矛盾变得非常尖锐。细川政元将阿波守护、野洲两家的儿子过继到宗家，目的便是调和宗、庶之间的矛盾。但随着嗣子之争的激化，矛盾不但没有解决，反而有着升级的倾向。细细观察澄之、澄元、高国3位养子，可以发现3人的出身都不简单。细川澄之出身的九条家是摄政关白家的成员，在公卿中地位很高；细川澄元出身的阿波守护家掌握着细川家的主力部队；细川高国出身的野洲家在血缘关系上同宗家最近，三者都有着充分的理由认为自己是当仁不让的继承人。对于三者的明争暗斗，细川政元支持的是次子细川澄元，不仅将摄津守护的官职交给了他，还要求阿波国（德岛县四国岛部分）军队在永正三年1506进京平乱，阿波守护家的首席重臣三好之长也获得了军事上的重用。这样一来，阿波系的国人不免同右京兆家的国人，即拥护细川澄之的“内众”产生了对立。永正四年1507 6月23日，细川政元准备修炼修验道，正在沐浴更衣之时，拥护细川澄之的家臣——香西元长、药师寺长忠等人串通了侧近家臣，将细川政元刺杀在浴室中。“24日，香西元长、药师寺长忠准备诛杀细川澄元，没想到对方却从京都且战且退，前往近江国避难，细川澄之顺势接任管领之位。对于细川澄之的反叛，细川高国以及摄津、淡路（德岛县淡路市）、河内的守护相继宣布拥护细川澄元。这个结果并不出人意料，因为细川澄之出身于公卿九条家，本来不属于细川家成员，必然会遭到武士集团的合力围剿。8月1日，细川澄元重臣三好之长的部队攻克了细川澄之宅邸，逼迫细川澄之切腹自尽。紧接着第二天，细川澄元来到京都参拜11代将军足利义澄，接任管领职位。但细川澄元的继任却引发了近畿国人新一轮的不满。细川澄元作为阿波守护家的后代，与近畿地区根基深厚的细川宗家国人存在冲突。首席重臣三好之长更是由于实行严苛的政策而遭到反抗，出身于野洲家的细川高国趁机将近畿国人的势力囊括在手，伺机而动。