土壤微生物的种类很多，主要包括细菌、真菌、放线菌、藻类和原生动物等。它们在土壤中个体小、数量大、分布广，是土壤中最活跃的部分。土壤微生物主要分布在20cm以内的表层土中，每克表层土中可以有几十亿个细菌。不同的土壤，由于土壤结构、营养物质的分布、酸碱度、氧含量、水分和空气含量以及气候不同，微生物的分布也不同。一旦受到污染，土壤微生物的种类和数量将会锐减，污染严重时，土壤微生物将会消失。土壤微生物是土壤质量的灵敏指示剂。