由于现存明刊百回本《西游记》均无作者署名。直到清初道士汪象旭刻《西游证道书》时，书前有汪氏自己写的《丘长春真君传》，列述丘处机生平后说“有《磻溪鸣道集》《西游记》行于世”，直接把《西游记》归于丘处机所作，而且还刊有元人虞集的《西游记序》，此序实际用意是借虞集之名以加强丘处机是《西游记》作者的权威性。这种说法并不是汪氏的发明，始作俑者是元末明初学者陶宗仪，他在《辍耕录·丘真人》中说“以上见《磻溪集》《鸣道集》《西游记》《风云庆会录》《七真年谱》等书”，将《西游记》就归于丘处机名下。显然，汪氏之论来源于此。随后，清代很多学者都持此说，《西游记》作者是丘处机遂成为清时的主流说法。
　　不过，此说在清代便有人提出怀疑。钱大昕在《跋长春真人西游记》中说：“《长春真人西游记》二卷，其弟子李志常所述，于西域道里风俗，颇足资考证。而世鲜传本，予始于《道藏》抄得之。村俗小说有《唐三藏西游演义》，乃明人所作。萧山毛大可据《辍耕录》以为出丘处机之手，真郢书燕说矣。”钱大昕乃清代著名经学大师（经学大家段玉裁、王引之等公推钱为“一代儒宗”），他经过认真考证，尤其是在《道藏》中查出《长春真人西游记》的原作并抄之，从而澄清了其作者非丘处机，而是他的弟子李志常，其内容也与唐僧取经故事无关。之后，纪昀也发现丘处机作《西游记》之说不可信，认为《西游记》为明人依托无疑。后来，焦循、王培荀等清代学者进而论之，尤其是鲁迅、胡适先生的考证是很有道理的，故使丘处机说基本寿终正寝。