Comstock意识到Anna是他完成他重组世界理想的关键，于是他建造了Monument Island（纪念碑岛）来囚禁她，她在这里接受各种实验，获得了创造裂隙穿梭于不同时空的能力。然而Comstock还建造了Siphon（虹吸管），用来限制她的力量。
Comstock利用这些维度间能力与虹吸管创造了一个守护者生物——Songbird，用来确保Anna的安全，并且看守她以防止她逃跑。Comstock把Anna改名为Elizabeth，并称其为“Lamb of Columbia”（哥伦比亚的羔羊），Founders很快就开始把她当做救世主进行膜拜。
然而令Comstock糟心的是，他滥用Rosalind和Robert的机器不但导致他身患癌症，同时他还知道了Elizabeth的真正父亲最终会找到一条路来把她从自己手中夺走。他开始警告大众Booker是“False Shepherd”（伪牧人），他右手上有着“AD”二字的印记（这是Booker自己刻在手上的），有朝一日会来捣乱。Comstock决定把Elizabeth培养成一个和自己一样的极端种族主义者以及神棍。
然而，Comstock夫人对于把Elizabeth的真相与公众隔绝越来越觉得沮丧和愤怒。Comstock觉得她早晚会发飙捅娄子，就谋杀了自己的妻子，并且嫁祸到了Comstock夫人的女仆Daisy Fitzroy身上，之后Daisy成为了Vox Populi（人民之声）的领袖。接下来，Rosalind与Robert通过裂隙看到了Columbia的未来以及Elizabeth会变成一个什么样的人，于是他们计划把Elizabeth送回她原本的宇宙中，以避免未来的发生。然而Comstock发现了他们的计划，命令Jeramiah Fink在二人使用装置的时候搞破坏，从而杀死了他们。
而实际上，这次破坏导致Rosalind与Robert存在与所有的时间与空间中，使得他们有了在任何时间任何地点现身的能力。二人依然想要阻止Comstock，于是他们定计将Booker DeWitt送到Comstock所在的宇宙中以使他夺回自己失散多年的女儿。这计划的施行使得Booker由于穿越丧失了大部分关于Comstock和Anna的记忆，唯一一点他还记得的只剩下了Robert告诉他的一句话：“Bring us the girl and wipe away the debt”（把女孩带给我们，你的债一笔勾销），他想来想去理解成了把Elizabeth从Columbia带回纽约以还清自己的赌债（而实际上是父女债）。Booker坐着火箭不断爬升，来到了Columbia营救Elizabeth。
Comstock派遣Founders追杀Booker，以阻止他来带走Elizabeth。他甚至利用Elizabeth的能力创造了Comstock夫人即生又死的幻影来阻止他们前进。然而，在Songbird抓走Elizabeth后，一个年老版本的Elizabeth，由于后悔自己成为了Comstock意志的继承人——也就是“drown in flame the mountains of man”（将人山淹没于火海，也就是对纽约甚至全世界的全面攻击）的执行者——把Booker带到了自己的宇宙中，给了他一张便签，上面写了避免年轻版本的自己避免落入如此命运的方法，之后Booker从Comstock手中救出了Elizabeth。
Booker和Elizabeth决定为Comstock的罪恶划上句号，二人登陆了他所在的船The Hand of the Prophet（先知之手），在一个小屋中与Comstock对峙。在这里Comstock表示很后悔，为什么不去告诉Elizabeth的真相，而是选择了派成千上万的军队追杀Booker。他抓起了Elizabeth的手，要求Booker告诉她她为什么会失去一节手指的真相，而Booker盛怒之下杀死了Comstock。
摧毁了纪念碑岛上的虹吸管后，Elizabeth终于能够全面释放自己的能力，使得Booker想起了他自己都做过了什么。二人来到了Booker在伤膝谷之战后洗礼的地方（他当时在他自己的宇宙中拒绝了洗礼）。Booker和Elizabeth发现这个世界中的Booker接受了洗礼，导致他自己“再生”成为了Zachary Comstock，这意味着Booker和Comstock是同一个人——Elizabeth使得他明白了，想要真正的毁灭Comstock，在所有的宇宙中都彻底消除他的存在，Booker必须在其他平行世界的自己选择接受洗礼前死掉。
大彻大悟的Booker让来自于各个不同宇宙的Elizabeth淹死了自己。如此一来Comstock以及所有游戏中发生的事情，都被扼杀在了摇篮中，从不存在，因而各个宇宙中的Elizabeth也都消失了。
Comstock利用这些维度间能力与虹吸管创造了一个守护者生物——Songbird，用来确保Anna的安全，并且看守她以防止她逃跑。Comstock把Anna改名为Elizabeth，并称其为“Lamb of Columbia”（哥伦比亚的羔羊），Founders很快就开始把她当做救世主进行膜拜。
然而令Comstock糟心的是，他滥用Rosalind和Robert的机器不但导致他身患癌症，同时他还知道了Elizabeth的真正父亲最终会找到一条路来把她从自己手中夺走。他开始警告大众Booker是“False Shepherd”（伪牧人），他右手上有着“AD”二字的印记（这是Booker自己刻在手上的），有朝一日会来捣乱。Comstock决定把Elizabeth培养成一个和自己一样的极端种族主义者以及神棍。
然而，Comstock夫人对于把Elizabeth的真相与公众隔绝越来越觉得沮丧和愤怒。Comstock觉得她早晚会发飙捅娄子，就谋杀了自己的妻子，并且嫁祸到了Comstock夫人的女仆Daisy Fitzroy身上，之后Daisy成为了Vox Populi（人民之声）的领袖。接下来，Rosalind与Robert通过裂隙看到了Columbia的未来以及Elizabeth会变成一个什么样的人，于是他们计划把Elizabeth送回她原本的宇宙中，以避免未来的发生。然而Comstock发现了他们的计划，命令Jeramiah Fink在二人使用装置的时候搞破坏，从而杀死了他们。
而实际上，这次破坏导致Rosalind与Robert存在与所有的时间与空间中，使得他们有了在任何时间任何地点现身的能力。二人依然想要阻止Comstock，于是他们定计将Booker DeWitt送到Comstock所在的宇宙中以使他夺回自己失散多年的女儿。这计划的施行使得Booker由于穿越丧失了大部分关于Comstock和Anna的记忆，唯一一点他还记得的只剩下了Robert告诉他的一句话：“Bring us the girl and wipe away the debt”（把女孩带给我们，你的债一笔勾销），他想来想去理解成了把Elizabeth从Columbia带回纽约以还清自己的赌债（而实际上是父女债）。Booker坐着火箭不断爬升，来到了Columbia营救Elizabeth。
Comstock派遣Founders追杀Booker，以阻止他来带走Elizabeth。他甚至利用Elizabeth的能力创造了Comstock夫人即生又死的幻影来阻止他们前进。然而，在Songbird抓走Elizabeth后，一个年老版本的Elizabeth，由于后悔自己成为了Comstock意志的继承人——也就是“drown in flame the mountains of man”（将人山淹没于火海，也就是对纽约甚至全世界的全面攻击）的执行者——把Booker带到了自己的宇宙中，给了他一张便签，上面写了避免年轻版本的自己避免落入如此命运的方法，之后Booker从Comstock手中救出了Elizabeth。
Booker和Elizabeth决定为Comstock的罪恶划上句号，二人登陆了他所在的船The Hand of the Prophet（先知之手），在一个小屋中与Comstock对峙。在这里Comstock表示很后悔，为什么不去告诉Elizabeth的真相，而是选择了派成千上万的军队追杀Booker。他抓起了Elizabeth的手，要求Booker告诉她她为什么会失去一节手指的真相，而Booker盛怒之下杀死了Comstock。
摧毁了纪念碑岛上的虹吸管后，Elizabeth终于能够全面释放自己的能力，使得Booker想起了他自己都做过了什么。二人来到了Booker在伤膝谷之战后洗礼的地方（他当时在他自己的宇宙中拒绝了洗礼）。Booker和Elizabeth发现这个世界中的Booker接受了洗礼，导致他自己“再生”成为了Zachary Comstock，这意味着Booker和Comstock是同一个人——Elizabeth使得他明白了，想要真正的毁灭Comstock，在所有的宇宙中都彻底消除他的存在，Booker必须在其他平行世界的自己选择接受洗礼前死掉。
大彻大悟的Booker让来自于各个不同宇宙的Elizabeth淹死了自己。如此一来Comstock以及所有游戏中发生的事情，都被扼杀在了摇篮中，从不存在，因而各个宇宙中的Elizabeth也都消失了。
