建安三年(公元198年),太祖攻破了张绣,向东擒取吕布,平定了徐州,于是又和袁绍相对抗。孔融告诉荀彧说:“袁绍土地广大兵力强盛,田丰、许攸,是有智巧能出计谋的人士,为他出谋略;审配、逢纪,是尽心尽忠的臣子,为他担任职事;颜良、文丑,勇敢胆识是三军之冠,为他统率军队,大概不容易克服他们吧!”荀彧回答说:“袁绍的士兵虽然多,但法令不整饬。田丰性情刚劣而好犯上,许攸贪婪而不知修治。审配专断而无谋略,逢纪果决而刚愎自用,这两个人留在后方为袁绍处理各种事务,如果许攸家人触犯了法令,审配、逢纪二人一定依法严办,不会稍微放纵的,不纵容,许攸一定会叛变的。至于颜良、文丑,二人都是徒有匹夫的勇悍,是可以一战而擒获的。”建安五年(公元200年),和袁绍连年作战。太祖保卫官渡,袁绍出兵围攻。太祖军中的粮食快要竭尽了,写一封书信给荀彧,是想引兵回许以诱导袁绍出来攻打他。荀彧告诉他说:“目前军粮虽然不多,并不像当年汉高祖和项羽在荥阳、成皋之间相争的时候。这个时候刘邦、项羽都不肯先退兵,因为先退兵就表示形势上屈居于后。你以只有袁绍十分之一的徒众,划地自限,控制了袁绍的咽喉要害处,让他前进不得,已有半年的时间了。眼看着情势就要有变局,这正是个用奇计的时刻,千万不可失去良机。”太祖于是往前进,不再退兵。终于以奇兵偷袭了袁绍另外的屯兵,斩杀了他的将领淳于琼等人,袁绍败退而奔走。审配因为许攸家人不守法制,逮捕了他的妻子,许攸非常愤怒,于是背叛了袁绍;颜良、文丑临阵被杀;田丰以直言进谏被谋杀;完全都如荀彧所预见的。
建安六年(公元201年),太祖在东平郡的安民亭收取米谷,但是粮食少,不能够和黄河以北一带地方的兵力相抗衡,想借着袁绍刚刚被攻破的时机,找个空隙出兵击打刘表。荀彧建议说:“如今袁绍已经失败,他的兵众都各怀异心,应该趁着他被困的时候,一举扫平他们;而今公却要背弃兖州、豫州,远率军队到江、汉一带###荆州,如果袁绍搜集了被战火焚烧剩余的物质,趁着我们没有防备的时候,从后面出兵袭击我们,那么公的大事就完了。”太祖再度驻军在黄河附近。袁绍生病而死。太祖渡过了黄河,出兵袭击袁绍的儿子袁谭、袁尚。而高干、郭援侵扰略取黄河以东地区,因此关右大为惊惧震恐,钟繇随即率领马腾等人出兵击溃了他们。这些事都记载在《钟繇传》。建安八年(公元203年),太祖根据荀彧的前后功业,上表朝廷封荀彧为万岁亭侯。建安九年(公元204年)太祖攻下了邺地,领冀州州牧。有人建议太祖说:“应该恢复古代的制度设置九州,那么冀州所辖制的地方就既广又大,天下人都会心服的。”太祖想采纳这个意见,荀彧就劝阻说:“如果照这样讲,那么冀州应当兼得河东、冯翊、扶风、西河、幽、并一带地区的土地,所夺取的地方太多,人人将不会愿意。前些日子你攻破袁尚,擒取审配,海内都震恐惊骇,人人一定会各自怀忧惧心,唯恐无法保有自己的土地,拥有自己的兵众;如果目前再把这些地方全部划归冀州,一些大将们都会信心动摇。而且别人也会游说关右一带的将领采取闭关自守的策略;现在再听闻这种消息,均会认为你必然会按次序夺取他们的土地,一旦发生变故,虽然是个善于固守的人,也会辗转相互的裹胁为非作歹,那么袁尚又得以宽免于死,而袁谭心怀二志,刘表终于能保有汉、江荆州一带地方,天下事就不容易图谋了。希望公赶紧的带兵先平定黄河以北地方,然后修复旧都,向南征讨荆州,如同当年齐桓公责备楚王不向周天子进贡,天下人都会知道你的心意,人人各自安心。天下即可平定无事,然后再来议订古代的制度,这是国家长期久远的利益。”太祖于是才停止了恢复古代九州制度的研议。
这段时间,荀攸常常做主谋的人物。荀彧的哥哥荀衍也以监军校尉的身份固守邺地,都督黄河以北的军事。太祖出兵征讨袁尚,高干秘密派遣军队计划偷袭邺地,被荀衍事先预知,全部把他们诛杀了,因而有功,被封为列侯。太祖把自己的女儿嫁给荀彧的长子荀恽为妻,后来称为安阳公主。荀彧以及荀攸均显贵于当时,他们为人都谦虚冲和节俭,皇帝赐给的俸禄全部都分散给同宗族的亲人和知友故旧,家中没有留下钱财。建安十二年(公元207年),又增加荀彧的封邑一千户,合并以前的共有二千户的封邑。