1、为什么水族箱里不能用环保硝化菌或水产硝化菌？
环保用硝化细菌不以降亚硝酸盐为目的，降有机质的过程主要在厌氧条件下进行，其遵循的是传统的氮循环理论。
传统的氮循环理论是：有机氮→氨氮→亚硝酸盐→硝酸盐→氮气。这个理论是指环保上面污水处理过程中氮的转化过程，跟水族箱里的氮循环完全不相干。在污水处理中，有机氮的转化大都是厌氧条件下进行的，一般称厌氧水解，氨氮的转化是有机物经水解后形成无机物，在自养硝化菌的作用下，将氨氮转化成亚硝酸盐，然后再转化成硝酸盐，硝酸盐废水再回流到厌氧池，反硝化成氮气。
水产用硝化细菌，实际上是生物净水剂，硝化菌所占数量较少，菌种的主要功能是：1、同化氨氮成菌体蛋白。 2促进藻类的生长，通过藻类降氨氮和增加水体溶氧。3抑制氨氮转化成亚硝酸盐，亚硝酸盐的毒性是氨氮的十五倍，菌种产生的生物硝化抑制剂可以控制水体亚硝酸盐的增高。水产用硝化细菌用于水族，菌种本身对鱼没有伤害，只是滋生藻类会影响水体的美观。再则水产上一般都是用低廉的石粉做菌的载体，用在水族箱里，对鱼的腮部会有伤害。
2、为什么水族箱里不能用化学净水剂代替硝化细菌？
鱼生活在自然界里，粪便或残羹靠自然分解净化，不会对鱼造成多大的危害。但是，人工饲养的鱼，生活在狭小的鱼缸里，粪便或残羹难以自然净化，代谢物或有机废物分解成的氨氮对鱼更有致命的毒性，所以，必须利用净化系统，也就是硝化细菌、纳豆菌等净水微生物的作用净化水，给鱼营造一个适合生存的环境。
化学净水剂主要成分是明矾、氯化铝、硫酸铁或聚丙烯酰胺等絮凝剂，这些絮凝剂可以将水中的微小悬浮物絮凝成大颗粒后，给过滤器过滤去除，使水暂时清澈下来，但是并不能去除水里的氨氮、亚硝酸盐等有害物质。微小悬浮物会影响水体的美观，但对鱼并不致命，真正致命的是氨氮、亚硝酸盐等溶于水的物质。 所以养鱼首选要建立生物净化系统，使水族箱有持续去除氨氮和亚硝酸盐的能力，才能保持鱼的健康。
3、为什么水族用硝化菌还分海水型、淡水型、水草型和冷水型？
根据水体盐度的不同，菌种的耐受和适应有区别，为了更好地选择菌种，根据盐度筛选了淡水菌种和海水菌种。
不同的菌种对温度的适应也不同，有低温菌、中温菌和高温菌，热带水族箱所用的硝化菌一般选择中温菌，冷水鱼水族箱一般选择低温菌和中温菌复配。
水草型主要是针对水草缸特殊的生态环境单独选育的菌种，其氨氮、有机质含量不像专门的鱼缸那么高。有机质的成分以纤维素为主，不像专门的鱼缸一样，以蛋白质为主，所以根据这些特点，专门选育了适合水草缸生态环境的菌种。
4、为什么用了硝化细菌水体会发白？
首次使用硝化后 ，由于还没有建立硝化系统，硝化细菌在水里大量繁殖后，寻找附着的载体需要一个过程，所以会引起水体发白，缸壁上也会有一层粘粘的白色物，一般过3-5天后，硝化系统建立，硝化细菌附着在滤材上，水体就会清澈透亮。
5、哪些因素会影响硝化细菌的效果
1、 饲料里的杀菌剂：饲料里的杀菌剂会破坏硝化系统，如果过滤材料充足，使用硝化细菌3-5天后，水体还是很混浊，可以考滤换一下饲料，一般劣质的饲料会加入过多的油，为防止发霉会加过量的防霉杀菌剂。
2、 治疗用的药物，鱼生病治疗用的药物大多是杀菌剂，这些杀菌剂不仅仅杀有害菌，也会杀硝化细菌。如果必须使用药物，建议把病鱼捞出药浴。鱼缸里放药后，由于硝化系统被破坏，氨氮和亚硝酸盐会持续升高，此时鱼的抵抗力弱，极易引起鱼中毒死亡。
6、水质变酸跟硝化细菌的关系
所谓的降酸，是指水质老化，水体的pH值持续降低。引起降酸是因为投喂了大量的高蛋白饲料，使水体的硝酸盐和磷酸盐过量积累，造成硝化细菌“偏食”的结果。
一般传统的做法是放陶瓷环或珊瑚砂，这些物质的主要成分是碳酸钙，可以与酸起反应，从而升高水的PH值，但也会引起水硬度增加，如果对硬度敏感的鱼类，不建议使用此方法。
最新的研究结果证实，给硝化细菌投放菌粮，可以提高并稳定水体的PH，降低水体的硝酸盐和磷酸盐，不会增加水体的硬度，是一种科学防降酸的办法。
7、硝化系统建立后为什么还需要加硝化细菌？
硝化细菌是微生物的一种， 一般高效的硝化细菌都是经过选育的优良菌种 ，其几十分钟就繁殖一代， 繁殖过程会发生菌种退化的情况，时间长了，硝化的效率会降低，所以需要每隔7-10天加一次硝化菌，来保持硝化系统的高效性。
8、为什么用死鱼、死虾培养硝化细菌不科学
首先，死鱼、死虾会带来有害菌和腐败菌以及寄生虫，对鱼的健康产生严重的安全隐患。
其次，培养硝化菌的时间长，一般要一个月以上。效率低，菌种没有经过选育，硝化效率低，不适应水族箱高密度的养殖。