马基维利最知名的著作是《君主论》一书，在书中马基维利阐述了一个君主（统治者）应该要采用怎样的统治手段才能保住自己的政权。马基维利主要关注的是“新君主”（principe nuovo）的部分，因为世袭而来的君主由于人民已经习惯了旧政权，统治困难要比新君主要来的少。世袭君主要做的只是小心维持其既有的制度，但新君主为了维持其夺取的土地，要建构一套新的而恒久的权力架构则不是一件简单的事。为了稳定政权，君主在公众上必须保持完美的名声，但在私底下则必须采取许多本质邪恶的政治手段。

与其他著作不同的是，《君主论》并没有告诉读者一个理想的君主或王国应该是怎么样子。马基维利透过许多例子解释了哪些君主得以成功的取得并保持权力，这些例子来自于他在担任佛罗伦萨外交官时对各国政局的观察，也是来自于他对于古代历史的研究。他的著作也代表了意大利文艺复兴的高潮，他在书中大量采用来自古代文献的历史例子。

如是不谨慎研读马基维利的论点，读者经常会以为《君主论》一书的中心思想是“为达目的而可以不择手段”—这其实是一种目的论的哲学观点，亦即只要目的正当，所有的邪恶手段也都是正当的。然而这只是对于马基维利的误解，因为马基维利也指出了邪恶手段的一些限制，首先，他指出只有维持稳定和繁荣才是国家可以追求的正当目标，个人为了其利益而不择手段则不是正当的目标，而且也不能正当化邪恶的手段。再者，马基维利并没有完全否定道德的存在，也并非鼓吹完全的自私或堕落。马基维利明白澄清了他的定义，以及采取残忍手段的前提（必须要快速、有效、而且短期）。尽管如此，天主教会仍将《君主论》一书列入禁书名单，后来一些人道主义者如伊拉斯谟也大力抹黑这本书。

《君主论》一书在政治思想史上的主要贡献是彻底分割了现实主义与理想主义。虽然马基维利也强调道德的重要性，君主所应该做的是将善良与邪恶作为一种夺取权力的手段，而不是目标本身。一个聪明的君主会妥善的平衡善良与邪恶两者。

实用主义是马基维利在整本著作中所依据的主要原则，一个君王应该将其作为夺取和维持权力的方针指引。与柏拉图和亚里士多德相较，“理想的社会”并不是马基维利的目标。事实上，马基维利强调应该在必要时使用残忍的权力或奖赏，以维持统治的现状。

 马基维利的半身塑像。马基维利所假设的人性本恶也反映出他认为必须使用残忍权力才能达成实际目标的主张。君王不该对于其臣民抱持完全的信赖和信任。

虽然许多后人将马基维利的理论曲解为“马基维利主义”，这一词在当时其实是被用于描述在16世纪出出现的一些政治著作。也因此马基维利主义一词在现代经常被用以描述为达目的可以不择手段，只是一个误传的名称，这其实也忽略了马基维利著作中其他较为温和的理论，这一词在今天甚至被人用以描述极端的政治立场。