自然开缸法是不添加硝化菌的，完全依靠水体里自然存在的硝化菌慢慢繁殖。这种方法的缺点是硝化系统建立较慢，一般需要30-45天才可以完善。现在比较流行使用硝化菌制剂来加速开缸，有资料表明使用硝化菌开缸比自然开缸法的速度要快很多，硝化菌的添加对于快速建立硝化系统是很有帮助的。
　　选用硝化菌制剂时一定要注意生产日期，干粉硝化菌是通过冷冻干燥技术将硝化菌干燥后分散于粉状基质中制成的，故保存时间较长可以1-2年。液体硝化菌保存时间短，最好选用半年之内生产的。
　　另外还要注意不能使用臭的液体硝化菌，因为硝化菌制剂在生产时，菌液里不能含有任何能引起异营菌分解的有机物的，否则瓶封中的空气将很快被耗绝，而形成厌气状态产生硫化氢，这就是有的硝化菌会臭的原因，这种臭硝化菌里实际已无硝化菌，而是已经腐败了的高浓度营养液，这样的东西倒鱼缸里，会使鱼缸的水富营养化，细菌会疯长，俗称“暴菌”，所以水会极度混浊。
　　硝化菌最好选用主流品牌，科迪、百因美、奥芬兰等都可以，安照说明书的用法用量添加就可以，开缸成功后硝化菌已经处于自给自足的状态，理论上讲不再需要定期添加了。