这里的思路参考了“@寒山默”同学的分析。希望不要说我抄袭。呵呵
自己梳理一下时间线：
炼丸线的开头：现世界的2012年5月20日中午，Integral楼顶的是：雾寺、缪、千里、炼丸、真琴。当炼丸抱着缪躲闪子弹时，时间慢放，炼丸和缪一起到了A世界
真琴其实是监视的角色，她没必要上来被铐在那里。当KID社的目的就是为了误导我们。这点有点不合理。
证据是炼丸在A世界看到真琴时认出是当时的那个警察
鸣海线的开头：现世界的5月21日中午，Integral楼顶的是：雾寺、扮成缪的千里、扮成千里的缪、御目贺（诞吾）、鸣海。诞吾击中缪。
一开始玩的时候大家觉得炼丸线和鸣海线是通过两个角度讲同一件事情，其实两个线的开始时间差了一天。这个是In系列惯用的手段
证据一：在5月22的现世界中，雾寺说他前天才碰到缪，也就是5月20日。他尝试说服缪加入，后来悔悟了决定背叛。
证据二：被枪击的缪手上有戒指。这个是A世界炼丸晚上给她的。
这场战斗有可能是在A世界发生，然后回到现世界被确认。也有可能就是回到现世界发生的。
但这其实不重要。因为大家都是能力者，打输了就到A世界再改。
但结果是，如果没有炼丸参与，不管轮回多少次，修改多少次。最终的结果都是不好的。可能没他在A世界的灵光一现，搞不定诞吾
这里雾寺可能做过无数次尝试，发现光靠自己的力量怎么都搞不定。原因之一可能是他的枪是麻醉单，诞吾是实弹。要想骗过组织估计很难
因此他开始拉帮手，一个是鸣海和舞菜，目的是靠她来打动真琴，他一开始就知道鸣海是谁；另一个就是炼丸
这样大家就理解为什么炼丸这家伙怎么在鸣海线里面还存在。因为两个线的时间差了一天。
炼丸在5月21日中午战斗结束后被雾寺唤醒在现世界中帮忙。至于穿的衣服问题，我觉得不用在意。有雾寺和千里在，再整一套假的就可以了。
真琴在2012年5月20日的战斗后发现炼丸和缪去了A世界。她追过去A世界准备干掉缪。所以买了面罩之类的东西在宾馆里面潜行。
结果在A世界被说动，准备背叛。这个时候被御目贺（诞吾）发现，然后被袭击了。炼丸的作用就是对付御目贺（诞吾），在两个世界对付他。
写了这么多。细节上可能有疏漏。
我现在最大的疑问就是，5月20日炼丸和缪潜到A世界后。他们的身体在哪儿？为什么真琴不对着身体直接开枪而非要去A世界？
也许这又是雾寺搞定的。真琴被铐了。雾寺指挥手下带走他们的身体就是。真琴发现找不到雾寺只能去A世界。