国产软件体系不健全
尽管BIM技术不是指具体某个软件，但判断的一个重要标准是是否使用了以BIM技术为理念的专业软件。欧美建筑业已经普遍使用AutodeskRevit系列、BenetlyBuilding系列、ArchiCAD等数量达上千种专业软件，这些都属BIM技术的核心建模软件。BIM核心建模软件（英文叫BIM Authoring Software）是BIM赖以产生和发展的前提，其他衍生的二次开发软件均是在BIM核心建模软件的基础上进行的不同层度上的信息交换，为项目不同参与方利用BIM提高各自的工作质量和效率服务。
相比于国外齐全和成熟的BIM技术软件，我国这类专业软件开发目前尚处初级阶段，在上表列出的13类BIM相关软件中，目前在BIM核心建模软件这个领域，除了在算量软件方面如广联达具备一定基础优势外，在设计软件核心技术方面——BIM核心建模软件开发较为缺失。国内自主开发的仅有广联达等少量的几款软件，处于空白状态的软件达8种之多，在功能等方面不能满足相关各方面的需求。开发一款软件不是一朝一夕能够完成的事情，表中的格局在未来2-3年甚至更长时间不会有大的变化。国产软件的缺失，造成很多专业技术和应用操作的不方便，使BIM技术在国内的应用受到了一定的限制。
BIM标准缺失
中国BIM市场没有形成统一的规范标准，对于BIM的理解也各有不同。BIM涉及到的标准非常多，因此成为BIM技术应用首要面临的难题，从一开始的规划设计到最后的运营管理，每个环节都有不同的交付标准，需要统一各环节的交换和交付标准，是确保BIM广泛应用的关键。欧美等地区都有统一的BIM标准，所以相关企业能够跟着按着国家标准有序进行下去。与国外相比，我国现有的建筑行业体制不统一，缺乏较完善的BIM应用标准。
单纯地把国外BIM的软件做成中文界面很容易，但如果要实现与本土化建筑行业的无缝对接，那么制定自己的标准很有必要。目前，中国建筑科学研究院下属的建研科技股份有限公司以及中国建筑标准设计研究院正在共同推广BIM技术在中国的标准化应用，这一标准的征集与制定，涉及到众多的参与单位，各单位需要共同协调解决与制定，标准的出台也尚需一段时间。
高等院校推广教育不够
与国外高等院校积极将BIM技术引入课程体系、并进行一系列的课程改革和研究相比，目前国内绝大多数高校开设的建筑和工程类专业课程尚未将BIM技术理念纳入课程体系，在深入介绍BIM技术核心理念和相关技术方面还不够，只有建筑类专业对Revit-Architecture软件的使用较为普遍。
各阶段需重复建模
建筑信息模型，首先要有模型，在施工阶段的模型的建立方式有两种。一是从设计的三维模型直接导进施工阶段相关软件，实现设计阶段BIM模型的有效利用，勿需重新建模。但是由于设计阶段的BIM软件与施工阶段的BIM软件和对数据信息要求是不尽相同的，需要数据接口的对接才能实现，现阶段国内的软件还无法完全实现。二是在施工阶段利用设计院提供的二维图纸重新建模，重复建模劳动强度大，需要大量的人力、时间和成本投入，这也是目前施工阶段应用BIM的现实情况。运营维护阶段同样需要重复建模，设计及施工阶段的模型均不能很好的用于后期的运营维护。