洛马未对F-35A战斗机的软件仔细除虫，结果频繁导致飞机系统关闭，必须重新启动， 有时在飞行中也会遭遇该问题。
试飞员表示每三架次飞行就需要重启一次系统，洛马对此问题进行淡化处理，只是表示这些测试飞行遭遇问题很正常，他们已经发现问题，并努力解决这些问题。
但由于美国空军计划在今年年底前把F-35A投入作战使用，目前3i版本软件的稳定性问题无疑成为了人们关注的焦点。
第461飞行试验中队的试飞员表示冷启动飞行时经常会遇到系统不正常关闭的事情，在使用3iR6.21软件进行的超过40架次飞行中，有15架次在地面遭遇一到两次系统关闭问题。第461中队的中队长甚至私下表示他的一半架次都遭遇过这种问题。
遇到这种问题时，试飞员需要重新启动系统，于是传感器和计算机重新做一遍自检，这个过程大约需要6分钟。
虽然对试飞影响很小，但试飞员们表示这种低级问题在试飞其他战斗机时很罕见。
3iR6.21是Block 3I的一个版本，也是美国空军宣布F-35A形成初始作战能力（IOC）的软件版本，该版本旨在解决F-35A的飞行稳定性问题。
虽然该软件存在关机问题，但还是被测试团队批准放行，在4月26日进入作战测试阶段