许多鱼友认为“鱼池水质浑浊是因为硝化系统没有建立好，而当水由浑浊变清澈时则表示硝化系统已经建立完善”，这种理解是完全错误的。为什么这样说呢？
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硝化细菌起到的是净水作用
水质的清与浊其实和硝化细菌没有关系，硝化细菌是好气性细菌，大都属于自养型细菌。硝化细菌的作用是去除水中的毒素（氨和亚硝酸盐），起到净化水质的作用，而不是清洁水体中的污浊物。
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氨和亚硝酸是无机物
氨和亚硝酸盐是无机物，它们的存在不会引起水质混浊，就像盐撒进水里不会使水变混一样。水绝不会因为有了氨和亚硝酸盐的存在与否而变的混浊或清澈，它们只影响的是水质指标，引起的是肉眼看不见的变化。因此硝化菌和水的清澈混浊没有关系。
也就是说，水变混浊主要是由鱼便、残饵等过多的有机物引发异营菌大量繁殖而造成的。
控制这种生物性混浊的两条途经：
1）杀灭过度繁殖的异营菌；
2）清除过多的有机物。
硝化细菌不具有杀菌抑菌和分解有机物的功能，不会因为硝化细菌的存在而影响异营菌的繁殖。不过过多的有机物和异营菌却是硝化细菌的天敌，所以水质变浑浊时不应该盲目地增加硝化细菌，因为在这样的脏水中，硝化细菌能否顺利繁殖还不一定；其次硝化细菌不能使水变清澈。进而定期清洗滤材一来有利于硝化细菌的培养；二来也有利于水质变清澈。