太多，举些例子吧
FC：大多数磁碟机游戏，大量Technos游戏，大量Konami游戏
NES：Ocean，Acclaim，LJN，Data East等大量游戏

先定义这里所说的独占仅针对当时而言，不考虑某游戏多年以后在新主机平台推出移植或复刻等情况，包括街机独占移植作品。下面列举一些我知道的
NES独占：热带之星2、神龟格斗、魂斗罗力量、银河忍者ZEN、联合大作战、怪鸭历险记、勇士们、特殊部队、出击飞龙（这个日版有个proto测试版，貌似真有实体卡带存在，价格高昂，但是日版未正式发售）
还有像忍者蛙与双截龙这种，虽然没有fc日版，但严格地说依然不算独占，同期有GB、GEN和SNES等版本，情况类似的还有世嘉的初代忍（也就是超级忍的前作）……
欢迎补充
而FC独占就非常多了，光文字类游戏就一大堆，包括我们耳熟能详的最终幻想2和3，吞食天地2，重装机兵、天使之翼2、第二次超级机器人大战、圣斗士星矢黄金传说完结篇（这个前段时间汉化了）、三国志中原之霸者和霸王的大陆、火焰之纹章和外传等等（这还没算半熟英雄、拉格朗日点、金属荣耀等大作）
其它知名的有（仅卡带版）：功夫、坦克大战、兵蜂（1和3都是）、马戏团、B计划、大盗伍佑卫门系列（包括两部RPG外传）、火之鸟、KONAMI世界系列、新西游记、宇宙巡航机2、热血系列（行进曲、曲棍球、格斗、足球、篮球等）、恶魔城王子外传（后来的GB版其实是续作）、烈火92、三目童子、冒险岛4（其实还有个不太知名的冒险岛外传）
还有一些FDS独占的，主要包括：超级马里奥2（金牌玛丽）、谜之村雨城、超级马里奥黑夜版、奇奇怪界（3年后移植PCE）、奇迹之石、拼图系列及一些任天堂第一方文字冒险大作（新鬼岛、游游记、时空冒险等）……（梦工场不能算）
至于日版独占那就更多了（卡带+磁碟）：如七宝奇谋等，而像伊苏系列那种虽然没有美版，但是同期存在PCE CD、MD、SFC等多个移植版，故认为不算独占……
欢迎补充及指正！