涉嫌造假
在2006年4月27日网友Dancefire的一篇技术分析文章中指出，通过对麒麟操作系统进行反汇编，麒麟操作系统与美国开放源代码的FreeBSD操作系统5.3版本相似度竟然在90%以上。该网友指出，按照此结果，麒麟操作系统仅仅是对开源的FreeBSD进行了一定的修改，根本不是官方所说的“中国独立研发成功”和“拥有完全自主版权的内核”。
国防科技大学与联想集团因麒麟操作系统向国家申请了7000万研发资金。