首先，前作中人造人和后面自动人形中的人造人不是同一概念。前作中的人造人是作为承载人类灵魂容器的复制人，这些复制人没有繁衍能力的。但是到机械纪元外星人入侵距前作又过几千年了，这些复制人早就死光光了，自动人形中的人造人应该是Android。
迪维拉和波波啦那个叙述我也看得有点懵逼，不过我也找到格式塔计划中与其相关的部分:
一、Replicant和Gestalt的交战开始（在Android支配力量教强的一部分地方，Replicant听从了接受Gestalt的指示，后者成功变回人类）。
二、Gestalt Nier为了让Yonah回归Replicant的肉体，取得了原始的黑之书。
「Android」Devola和Popola，按照「世界净化机关」设定的程序，认定Gestalt Nier是Gestalt的救世主，给予其辅助。
在Devola和Popola的引导下，「Replicant Nier」得到白之书。Devola和Popola让他收集「Sealed Verses」，通过与黑之书融合来实现黑之书计划。
Gestalt Nier不再相信黑之书计划，强夺Replicant Yonah，打算让Gestalt Yonah和自己分别回归Replicant的身体。
在「魔王之城」，Replicant Nier与Gestalt Nier正面交锋。Replicant Nier击败Gestalt Nier，也因为Gestalt Yonah自愿消失，Replicant Yonah得以恢复意识。
而且前作中双子姐妹是复制人管理Android(从这里也能看出后作中人造人指的是Android)，所以可能双子姐妹觉得她们没能成功指导所有人类灵肉融合，而且后来她们的引导导致复制人尼尔干掉了提供魔素的魔王尼尔，导致人类灵魂全灭，所以有负罪感吧。

后面都是Android在对抗外星人。
艾米尔死的只是其中一个个体吧，还有好多好多别的艾米尔

前作是公元3000多年就结束了，后面外星人入侵都是公元5000多年之后的事了，相隔太远，所以前作和后作关系其实不大，讲的完全两个故事，唯一能把前后作相串联的也就双子姐妹和艾米尔了(而且这两者在主线里面只是冒个泡，做支线才能具体了解，算是致敬前作吧)。

1.姐妹花干了的事就是没有阻止第一部的主角毁灭人类，一开始把他杀了就没那么多事了。
2.埃米尔前作只是炸剩一个头，没有死
3.都是人造人和埃米尔在和外星人打，外星人入侵因为地球宜居呗。。
4.是的，日本人的偏执呗。。。机械生命体设定为打倒敌人因此为了保证有敌人故意不杀完人造人。人造人刚创造出来的时候不像现在这么有自我意识，人类灭绝他们找不到活着的意义