在「东方照途传 ～ Abandoned Higher Path.」的一年后，幻想乡产生了新的异变……
幻想乡再一次充斥着（更为高阶的）学习氛围，人类与妖怪均为一种称为「GPA」的指标而疯狂，这一切背后究竟是谁在主使？
为了解决这次的异变，代表文科的巫女、代表理科的魔法使、代表工科的风祝、代表医科的月兔决定出发了。然而，即便是这些异变的解决者们，在异变结束前也要受到「GPA」的束缚……

好吧，我之所以产生这个脑洞是因为GPA是1.0-4.0，而从船开始东方各作的火力也是1.00-4.00，非常巧合。不过火力感觉和GPA有些挂不上钩，倒是残机和GPA的相性相当不错（
1.0是勉强及格，也就是裸残机，而4.0则相当于3颗心，这就是残机的上限了。每两个整数之间有.3、.7两档，正好代表一残由3碎片拼成。初始GPA是3.0，惯例的2颗心起飞（。当然残机有上限的话这游戏会相当难，尤其是4-6面难点扎堆的时候没法堆残过去，因此撞一次并不是-1残机，而是-1/3残机：当你GPA为4.0，3.0或2.0的时候撞了和往常的miss一样，扣0.5P，全屏消弹，无敌5s左右；而当你的残机-1/3不会使整数部分下降时，不会扣火力，小范围圆形消弹，约2s无敌