我们前面讨论了胆固醇性结石与胆囊炎的关系，胆道系统还有一对“孪生兄弟”，就是肝内胆管炎与色素性结石。我们知道在肝内胆管也可产生结石，往往这类结石对人体的危害更大。这类结石属于炎症性结石，主要成分是胆色素，形状多为不规则形，且大小不一，呈棕红色或棕褐色，质地松脆或泥沙样。肝内胆管结石是指左右肝内胆管汇合处以上产生的结石，也有人称为胆石病。约占胆道结石病人中25%以上，农村比城市多见，卫生环境较差，蛔虫感染率高的地区更常见。
为什么肝内胆管会形成色素性结石呢？原因十分复杂：
1肝内胆管有狭窄或部分阻塞。这样造成肝内胆管胆汁流通不畅，甚至滞留于肝内胆管内，胆汁内不溶于水的游离胆红素发生沉淀，并相互聚集成团。
2肠道蛔虫进了胆道，形成胆道蛔虫症。肠道蛔虫等寄生虫钻进胆道，把肠道的细菌同时带进胆道，引发细菌滋长，细菌在生长繁殖过程中释放出一种酶，胆汁在酶的作用下产生不溶于水的游离胆红素；同时，死掉的蛔虫残尸、虫卵、细菌等就成为结石形成核心，游离胆红素包绕该核心继续沉淀。
3反复胆道感染。胆道感染时胆道胆汁中的化学成分、酸碱度、胶体成分以及胆盐浓度等都会产生改变，实验证实这些变化对胆红素沉淀有利，增加了结石形成的可能性。
总之，形成肝内胆管结石的原因是多因素，具体如何形成结石可能因人而异，目前掌握的情况仅能“管内窥豹”。
肝内胆管结石经常并存胆管炎，这两种病互为因果，相互影响，推动肝内胆管结石和胆管炎呈日益加重，侵害范围日渐扩大，最终会造成肝脓肿、肝萎缩、胆道出血、胆汁性肝硬化、急性化脓性梗阻性胆管炎等一系列严重后果，常危及病人生命，需要早期高度重视起来。