再回到你的几个具体问题.
1. 关于咒语
咒语本来都是有意义的, 直接能懂的话句. 被赋予一些神秘的"作用". 没有翻译,因此被更加神秘化了.
咒语的作用是心理上的, 不是物质上的. 你对它如何理解, 就会对你的意识起相应的影响. 所以, 持咒是有它的用处的. 如果导向好的念头, 就起好的作用. 如果是负面的, 导向错误念头的理解, 就会起不好的作用. 所以不必一概而论地排斥咒语.
金刚经里没有咒语吧. 也许你想说的是心经. 那结尾的意思是, (不要迷信什么咒语). 圆满的智慧就是最强的咒语. 所以, 让我们说这咒语: 大家快一起到觉悟的彼岸吧.
阿含经基本上没有提到什么咒语, 但如你所说, 也有. 可能是后期添加进去的. 你不感兴趣就直接忽略就是了. 不必纠结. 学习有益的东西就好.
2. 关于"偷盗毗奈耶罪"
这你完全不需要有任何顾虑.
"毗奈耶"指的是戒律. 在家人不要去阅读出家人的戒律, 那是因为出家人的戒律写得很细, 很具体地针对出家人的某些问题作了描叙. 在家人看对自己没帮助, 反而会起不必要的烦恼.
至于学习经论, 那是没有任何需要忌讳的. 佛教经论是每个人都可以读的.
3. 关于"大乘" 与 "上座部"
大乘佛教确实融合了许多印度本土信仰的内容. 其实佛陀在世时说法, 就是基于当时大家的信仰而说的. 批驳了那些错误有害的观点, 但为了大家容易理解, 也保留了一些虽不究竟, 但也无害的概念和理论. 不过后期发展的大乘佛教确实开了很多"方便"之门. 但如果你仔细思考, 会发现, 其实大乘的核心内容与"上座部"的其实还是一样的. 只是你需要排除那些"方便"带来的误解.
有些大乘经论, 我个人认为, 融合了太多其他的东西, 并且把理论名相弄得太繁杂. 所以我确实觉得还是从阿含经学起为好.
据我了解, 南传的内容与汉传阿含部大部分是一致的.
4. 菩萨与神
菩萨是被神化了. 原始佛教, 菩萨是用来称呼修行中, 还没有觉悟的人(佛成佛之前). 如果学习大乘佛经, 可以把各种菩萨作为表法的形象. 排除神化部分, 菩萨的本义是发心觉悟的人(有情). 菩提就是觉悟. 发菩提心就是发心觉悟. 而在大乘佛教当然强调所有众生的觉悟, 也就是说强调所谓的"利他". 这利他心不可少, 但自己不觉悟也很难真正地帮助其他人觉悟. 所以要立足于自己的修行.
5. 关于"净土"
这在大乘佛教也有"唯心净土"之说. 这净土信仰, 对于净化心灵是很有帮助的. 你不妨相信遥远的某个地方有一个完全清净的国土. 即便是幻想, 只要不沉于幻想而无视现实, 这与你我在此时此地的学习修行没有矛盾. 阿弥陀经不是也说了, 在那里的人所听的也是"五根, 五力, 七菩提分, 八圣道分, 如是等(原始佛教的)法".
以上是我的一些看法, 仅供参考. 有问题我们可以继续讨论交流.