遗传标记
遗传标记是遗传分析上用作标记的基因，它在发展过程中形成了四种不同类型的标记：形态学标记、细胞学标记、生化标记和分子标记。其中，分子标记是目前较受欢迎的，已得到广泛的应用，主要有RFLP、RAPD、SSR、AFLP等，但这些分子标记都有各自的优缺点。如：试验发现SSR不适用于关联分析(association analysis)，但SNP可以弥补SSR标记所受到的限制，而且SNP是双等位的，杂合期望值较低，SNP的杂合期望值是0.263，而SSR的却达到0.77。研究发现，两个基因座上的等位基因不是随机组合和分离的。近年来，随着某些作物种质多样性的持续减少，LD增长，方便了目的基因座上SNP的单元型与表型之间相关性的分析。此外，因为大豆是自交的，使其具有高度的连锁不平衡。如果有足够多的连锁不平衡存在于一个作物的基因组中，全基因组扫描会有利于鉴别与目的性状相关的基因组区域。此策略的采用，为将SSR标记转换为SNP标记开辟了道路。
分子标记辅助选择
和其他的遗传标记相比较，SNP标记在标记辅助选择(marker-assisted selection, MAS)育种方面更具有潜力。比如，使用等位基因特异PCR 方法进行水稻抗瘟病基因Piz位点的等位基因间SNP基因分型，结果表明利用这种PCR方法对SNP进行基因分型在水稻MAS育种中是一个十分方便、有价值的工具。
构建高密度的遗传连锁图谱
如果要绘制高分辨率的遗传图谱，就要构建大小不受限制的作图群体。基因组中的SNP，因为其分布的广泛性及其双等位性等，使SNP 非常适合用于自动化大规模扫描，成为了最受欢迎的作图标记，而且具有高密度性的SNP 遗传图谱的建成，使我们可以更精确的进行标记辅助选择(MAS)，降低或消除在目的基因之外的遗传背景带来的坏的影响。大豆、番茄、玉米、小麦等其它重要作物的SNP遗传图谱的构建工作已取得重大进展。
绘制EST图谱
SNP反映的是相对应染色体基因座上的遗传多态性的状态，所以可以用来绘制遗传图谱。利用大豆、玉米、水稻等作物的SNP多态性，就易绘制出EST图谱。通用的技术方法是先对作图群体父本和母本的目的基因3?端的翻译区进行单核苷酸多态性分析，然后对上诉群体中所有个体进行单核苷多态性基因型的检测。