我自己对第一个问题的思考是，同时有两个凶真是因为发明出了送实体回过去的时间机器，而这个时间机器送回去的人可能不能算存在于这个世界，而世界线理论只有一个世界，也就是说穿越者不存在于任何世界，这样就可以符合世界线理论了吧……可是不存在于这个世界又为什么可以对这个世界做出改变呢？因此我否定了自己_(:з」∠)_

1，明天的你来到了今天，今天的你会消失吗？（基本逻辑问题）
2，一来助手的目的是什么？是得到爸爸的认可，现在已经没有目的了。二来，游戏原文曾提及即便中钵记得一些内容助手也会在学界进行打压。这间接体现了助手不可能发表这份内容。
石头门不是硬科幻，但逻辑是自洽的。大部分呢。

前一个是吧友整理的一些比较重要帖子内容的QA手册
https://tieba.baidu.com/p/4703860529
这个是我以前写过的动画分集详解，大概覆盖了SG本篇中的大部分解答。缺点是废话比较多。
http://tieba.baidu.com/p/4311323248?pn=1

1.时间跳跃和时间旅行不跳线
2.想像你是助手，写论文就是为了讨好老爹，然后不但没搞成还差点被掐死，你真的还会再写一遍吗……
3.石头门不是硬科幻是指它的设定并不完全遵循科学，但在它的设定框架下它自己的剧情是可以自圆其说的

如果你从今天穿越到昨天，昨天的你难道会消失？

命运石之门有几个基础设定： 1. Stein gates 是一个未来不会制作时间机器，不会出现第三次世界大战的世界，真由理和助手都不会死的凶真想要寻找的世界线。 2. Reading steins 是凶真独有的能力，可以观测到世界线的变动，这个能力可以说异常逆天，可以说凶真就是世界的半个管理者。 3. 无论世界线怎么变动，世界只有一个，世界线变动了，原来的世界就会变，不存在平行世界 4. 每次世界线变动凶真都会保存上次世界线的记忆，其他人的记忆都会被重塑，凶真的记忆会和其他人的记忆产生差别。而且凶真的技能是被动技能，只要世界线发生变动，他就能感知到。 5. 世界线收束就是说有什么样的原因，最后就一定会出现什么样的结果，无论中间怎么变化，最后世界还会朝着那个最终结果前进。这就是动画里凶真为什么每次救真由理都会失败。 6. 要大程度的跳跃世界线，比如动画中从阿尔法世界线跳到贝塔线，就必须改变一开始发生跳跃的原因，动画中就是第一集发送的那个 dmail 就算是一个世界线的起因 7. 时间跳跃不能出现悖论，但仅限凶真，凶真不能产生记忆上的矛盾，因为凶真不像其他人，每次世界线变动他都会保留过去的记忆。 所以从这些出发，就可以解释动画版的剧情了，重新从凶真的记忆出发，动画从第一集到 22 集都没问题，凶真一开始其实处于贝塔线，无意中发送了第一个 dmail 导致世界线发生变动，来到了助手没有死的世界线阿尔法线，但阿尔法线的结果确是真由理必然会死的，所以凶真进行了n次时间跳跃都没有成功的救到真由理，因为世界线的收束，这里要说下助手发明的将大脑记忆保留到电脑的机器，简直神棍，最后凶真一个个的撤销了曾经发送的 dmail，才将世界线重新变回贝塔线，然而助手就死了。然后接 23 集剧情，打工战士乘坐时间机器来了，告诉凶真她来自 25 年后，未来会有第三次世界大战，而避免世界大战的方法就是拯救助手，凶真开始乘坐时间机器第一次进行带着身体的时间跳跃，然后因为世界线的约束，最后自己捅死了助手，然后坐时间机器回到了现在，当打工战士表示要再进行时间跳跃时，凶真说不想再进行下去了，因为无论经过多少次的跳跃，结果都会是一样的，除非改变一开始的起因，但改变了就会重新回到阿尔法线，真由理又会死，他不想再去选择了。 于是动画在这里出现了分歧了，其实可以说出现矛盾了，真由理在这里给了凶真一个耳光打醒了凶真，然后凶真又接到了来自 25 年后的自己的视频，告诉自己要欺骗世界，然后动画里就是成功欺骗了自己改变了世界线，让世界线到达了伽马线，救了助手，未来也不会有第三次世界大战。但其实动画这个结局是自相矛盾的，凶真的记忆不能出现矛盾，无论世界线怎么改变，他依然保留世界线变更的所有记忆，凶真身上不能出现悖论，否则会出现难以预料的状况。如果要解释的话，就是 23 集手机视频里的凶真是未来的 25 年后的凶真，那么未来的凶真是必然会有所有他所经历的世界线的记忆，也就是说未来的凶真已经在 25 年前救出了助手，那么他所说的一切岂不是自相矛盾，他救出了助手为啥还让打工战士回到过去帮自己救助手，所以出现了悖论。所以其实可以证明动画版的命运石之门并不是真结局，但不是说动画版这个世界的发展不存在，是存在的，但凶真并没有经历过拯救助手的记忆，所有后面的结局虽然挺美好，但实际上都不是凶真的记忆，凶真直到死都没有看到助手，但是他确将世界改变到了 stein gates 线，也就是伽马线。 其实真结局就是命运石之门 0 的贝塔线剧情，凶真在 23 集放弃了去拯救助手，之后的 25 年他会经历各种惨剧，在这期间他知道了拯救助手的方法，同时坚定了要到达 stein getes 的决心，要拯救助手前提就是不能让自己出现悖论，因为在这条世界线上过去的他是看到了助手的死，所以凶真看到助手“死了”是不能改变的，否则就会出现悖论，导致的结果可能是在改变前世界线再次收束。其实凶真真的是一直从头惨到尾，因为他已经清楚了其实一切都是命运已经注定的，从他过去看到从未来来的打工战士就证明了一切都是命运石之门的选择，打工战士说过凶真会在 45 岁时死掉，他从过去就知道自己注定会死在 2035 年，他所做的就是去理解这一切，然后录下那段视频发给过去的自己，让打工战士在他死后做时间机器回到过去，这样打工战士就见证了自己死在2035 年，与自己的记忆吻合。所以说凶真并没有看到助手的复活，也没有看到世界线回到伽马线，他在视频是说让过去的凶真去欺骗世界，其实这些都只是在欺骗过去的自己，拯救助手的关键就是欺骗过去的自己，未来的凶真和过去的凶真所经历的苦难不是一个级别的，他了解过去的自己，所以这段视频就是为了欺骗过去的自己，在让处于那个时间点的自己再坐未来的时间机器去欺骗看到助手死亡的自己，然后世界线就改变到了stein gates

我觉得很容易想象啊，你可以用平行世界的观点来看，但是记住，只有最初的观测者（胸针）所存在的世界，才真真正正存在。一旦乘坐时间机器回到过去，就会产生一个平行世界，而原来的世界就会消失。而平行宇宙的观点则认为原来的世界没有消失

不得不说石头门是脑洞大开的一部前面

划重点！“石头门不是平行宇宙论”

关于论文，大概帮你理一下逻辑关系吧。
先要说明的是这个逻辑只是我自己的，并不代表是官方的。
实际上“论文”才是让三战发生的导火线，那么只要毁灭论文不就可以脱离β世界线了么？拯救红莉栖完全是次要吧。
其实个人觉得不然，感性上来说，对于胸针的主要目的是拯救红莉栖，离开β世界线只是拯救红莉栖所必须的罢了。
理性上来说，根据潘多拉的补全，那么重要的论文，红莉栖自然会有备份。那么在红莉栖死后，比屋定真帆（助手的前辈）很有可能会想尽一切办法，让黑客来破解红莉栖电脑上有关该文件的强力密码，因为是红莉栖最后遗留下来之物。该论文就很有可能再次外传——就造成了以不同方式形成了相同结果的现象。（虽然2010年的技术可能破解不了，但研究几年呢？）
所以反过来说，助手没活着反而有可能导致不好的后果。
红莉栖存活后，可能存在自己删除了该论文的举动，因为本身该论文就是为了其父亲所写，父亲看了论文后那个样子对待自己，那么该论文就没有了意义。红莉栖也不会拿出去发表。另外也有可能是胸针告之说要删掉的。（这是根据官方小说对该计划所需条件原因的一个脑补）
剩下的就是我前面说的游戏里提及到的那句话。
而这个计划归根到底是2025年研究出来的结果，其实本身就很都合主义啦233.
不过OVA的原创部分对这方面的描述是不太严谨的。