先天乳糖不耐受在婴儿中很少见，乳糖不耐受是在断奶之后四岁左右才会发生。婴儿在出生时都是有合成乳糖酶代谢乳糖的能力的，在断奶停止乳糖摄入后，身体不再需要消化乳糖，这段基因便停止表达从而变得不再耐受了。
这个现象的起源是大概一万多年前北欧和中非开始畜牧，在缺少食物的时候牛奶也被作为替代品食用，导致一些人在渡过婴儿期之后仍有表达乳糖酶的能力。而在亚洲主要依靠种植业为粮食，就比较少有这个现象。所以这也是为什么在由北欧移民而来的北美和澳洲超过90％左右的人乳糖耐受，而亚洲连10％都远远不到。
其实可以理解成乳糖耐受才是一种变异，乳糖不耐也完全不是病。
而且即便是有乳糖不耐症的成人，也是可以摄入一定量的乳糖的，因人而异，但只要不过量也都不会有不良反应。