2018年，设立在世界各地的八大魔术机构设施中的研究人员在同一时间检测到了在未来某一时段，人类的文明突然......没有了，是的，并不是毁灭或者其他什么的，就是从某一个时间段开始，整个世界的存在突兀的消失了，即使集合八个研究设施中的最高计算机共同进行预测也无法探知分毫，经过八大设施上报时钟塔和联合国，决定再启迦勒底中被尘封多年的灵子转移工程，但联合国认为，将拯救人类的重任交予“早该进棺材的枯骨僵尸”无法安心，于是他们利用了第六次圣杯神战残留的『究极的七原罪』(圣杯)的碎片，经过一年的研究，发明了可以让英灵与御主完美合一的方法——灵基收束，即，在英灵召唤时篡改程序，让御主手持圣杯碎片联(污)携(染)作为触媒的圣遗物，将召唤出来的灵基收束至己身，但由于圣杯碎片只有七个，一共也只能支持七个人进行灵基收束，而且由于技术的不成熟，这种『亚英灵』的基础属性虽然与赋予其灵基的英灵一般无二，但其作为英灵的宝具真名却无从知晓，只能从灵基中附带的记忆残留中找到一些零散的东西。
兴高采烈的八大设施迫不及待的启动了灵子转移，但.....转移成功了，但他们也失去了与七位亚从者和那个『不可视未来』的一切联系。
七位亚从者通过灵子转移，到达了那一段『不可视时空』，却发现.....这一座名为学院都市的巨城中，正在举行着一场正常的圣杯战争，不，也不能说正常，因为，学院都市中......有着拥有匹敌英灵伟力的七位LEVEL.5，他们一直守护着这座美丽的城市不受侵害