原分子文明遇到灭亡危机，想毁灭星门系统来逃过一劫，可还是亡了。问题就在这里，文明亡了但武器还在，且处于战备状态，人类如果乱来，那个球形空间站一旦被激活，就会完成它未完成的事。 顺便说一句，渣字幕害人

这个空间站有两个功能。一个是开启了这个特殊空间，可以链接上千个星环，外面是上千个陌生信息。
第二个，就是外星文明被另外跟恐怖的存在灭了。所以在还没灭的时候估计假如了这个功能，假如恐怖的文明来到这里或者找到了这些千把个有文明的星系那么就去毁灭它，这种毁灭不知道是怎么样的。但是它自己先去毁灭它。估计它这个毁灭和恐怖文明的毁灭不同，一个是侵蚀，一个只是抹去文明，对他们来说人类是蝼蚁，他们不在意，他们在意的是星系，应该是用一些方法改变了星系的环境。摧毁了一切文明，但是后面可以重建之类的。让另外的恐怖文明不再需要去侵蚀，可能恐怖文明所需要的已经没有了怎么的。不再过去一样。他们在意的是星系，星系可以重孕育文明，现在的蝼蚁不需要在意。
就等于有人抢你的东西，你没能力反击，只能自己毁灭，就是不给他，让他放弃了。以后我慢慢再重新造。

原分子族通过向各大星系发送原分子制造星门来实现扩张，并不在意目标星系是否有人类这样的蝼蚁会不会在星门的建造过程中被抹掉。几十亿年前原分子族同样发射了原分子到太阳系建立星门，但是这个原分子被土星的引力捕获了，冰封到土卫九，又是N年后有未知名的种族和原分子族大战，原分子族试图用烧掉有威胁的星系的消毒方法来逃避未知种族的追杀，但是还是被灭绝了，星门中央控制站被设置成战备模式后开始休眠。斗转星移，几十亿年后人类发现并在研究中激活了原分子，于是原分子按照既定的程序建立了一个新的星门，星门被激活后按既定程序联系主控室，却发现无人应答，主控AI的一个子程序需要一个实体进行调查无人应答的原因，于是化身米勒在给霍顿大脑发送信息指挥霍顿行动。但是主控AI的主程序保证星门群运转，消除威胁的主要目标不变。子AI的目的是说服主控AI人类不是威胁，好打开全部星门指挥霍顿继续到各大星系调查原分子族消失的原因

还是在这回复吧。
最后出现的上千的星环，都是原分子文明找到的可以产生了文明的星系。原分子在宇宙中寻找可以产生文明的星系并建立链接，而我们太阳系为什么不在其中。是因为在还没有人类文明之前的已经发射了原分子。可是被土卫九捕获了，所以产生不了星环。
而在这期间。有跟高级的外星文明文明找到了这个原分子的文明，并毁灭了他，而原分子为了摆脱这个恐怖的外星文明的攻击，去选择把他说找到的星系进行摧毁。
就像霍顿说的，就像你有了伤口，消毒一下伤口这样。这个伤口就是被恐怖文明发现或者已经入侵的星系，消毒可是全面消毒，人类对于原分子文明来说就是细菌一样，就算是有益的。抹掉了是无所谓的。
跟细节的剧上也没细说，你要真想知道要去问原著党了。我是看剧和原著党的一些剧透看到这么多的

其实土卫九是原分子族发射的原分子载具，目标本来是地球，但很巧被土星捕获成了土星的卫星，第二季开头被米勒崩掉的那个科学家说的。现实里土星和木星确实阻挡了很多飞向内星系的太空垃圾，剧中这样设定也符合这个意义，土星算是地球的守护神了。

回楼上，乒乓球拍和子弹的比喻并不很恰当，土星和外来小行星的相对速度比远远达不到子弹和球拍的差距。土卫九不能变轨，如果确定目标是发射到地球的，那么一开始速度就不会大于地球的逃逸速度，远小于土星木星的逃逸速度，如果是从黄道面进来的，即使进来的位置是空挡，土星或木星回归的时候也就多跑了几百万公里，还是逃不过引力的俘获。

楼上说了那么多，还是没法理解星门系统为啥要消灭自己可控的星系。把恒星都烧了为啥算是清理伤口啊。

高等文明有能力毁灭创造星环系统的文明，那自然不怕星环武器的打击。星环系统要想保护自己主人应该自毁隐藏之前主人发现的那1300多个星系而不是挨个炸了啊

有什么难理解的。这就是系统维持自我稳定运行的反应。目的也不是什么消灭消灭了原分子文明的文明。而是星门管理员，也就是空间站认为人类那些飞船啊核爆什么的影响了星门系统的运行稳定。怎么消除影响稳定源的威胁？分解最彻底。这就是那个火星作死队长扔雷后遭遇的。压根不管是什么，你是发出影响星门系统稳定运行的源头，直接分解拉倒。

怎么判断个体具有威胁性，最简单有效的就是对个体能量释放的水准进行判断。突然的爆炸，显然就是大量能量的释放，手雷，核弹甚至到核反应堆。大量能量可以转化为飞船的飞行动能，这些都可以通过之前原分子在太阳系对人类啊，飞船各种渗透分解研究中学习到。既然要压制能量的急速释放，施加速度限制只是第一步，再升级就直接将物体分解到低层级，这些都可以从之前的原分子与人类接触中学习到。把飞船限速了，人体分解了，甚至地球太阳系那些可以释放能量的物体都分解了，不就不存在能量的突然释放可能了。但那样也就意味着维持人类生存活动的物质基层的瓦解。

诡辩术

不是强行解释，只是个人对作者的脑补。
既然是科幻，就建立在我们现知的知识上。
一：太阳系目前只知道地球有生命（火星有没还是个未知），最早在38亿（据说现在有45亿）年。
二：速度不可超光。（至于星门是一种扭曲空间，类似于虫洞）
三：基因，病毒。
通过这些知识，作者抛出原分子病毒。从名字上看，它是需要宿主才能激活的一种病毒。没宿主什么能力都没有，你可以拿着装病毒的瓶子随意动作，而病毒文明也不能把你怎么样。原因在于病毒文明离你太远了。所以病毒文明实际是在钓鱼，在宇宙中广布病毒，只等鱼上钩。所以，病毒在星系的什么位置，就不是那么重要。你可以说被恒星烧毁了，也可以说被行星拦截了。因为就算有生命的地方，生命不上钩，有毛用。
既然病毒是被动的，它就设定了3个基本基因，一是造星门，二是防御,保护星门，三是联系。再没有造好星门前，它会疯狂的感染宿主，为星门添砖加瓦。造好后，就开始防御保护星门，不再感染宿主，而是联系病毒文明前来。
而保护星门自然是有破损就会肢解生命体当配件用，而配件的多少就看破损程度了。
至于联系文明，文明不回复，只能手动操作，而这样的情况，是病毒文明都没想到的，也就是说没有设置手动基因，因为被感染的生命体只用来造星门，而不是来控制星门，所以，就需要一个完整的生命体来执行手动。再手动之前，星门并没有执行消灭太阳系，这很重要，因为基因中没有这一项，再手动之后，星门读到了消灭威胁时，就准备消灭太阳系，而消灭一个星系是要充能的，就这个时间差，病毒文明被灭了。
虽然病毒文明被灭了，但病毒基因没改变，依然是造，防，联系。只有一个最后的指令就是星门的防御变得极端，就是摧毁恒星系，一旦没有威胁就自然不会执行指令。也因为这样，星门联系到其他星门，并打开通道。

自动防御系统，攻击就消灭低级文明

建星门不是原分子的主观行为，是原分子文明给它设定的程序，它只会建星门，在任何星系都这样，道理很简单，原分子文明只是要造路，而不是造一个敌人。至于原分子文明被谁灭了，这个谁未必就高级，人类也可能被病毒摧毁，这没有高级一说。