1898年，黄遵宪将作为使臣携带国书出使日本。光绪皇帝亲自修改国书，在“大日本国皇帝”之上，御笔亲加“同洲同种同文最亲爱”九字。国书修成后，光绪皇帝密诏不能让李鸿章知道此事，因为李鸿章仇日，不愿与日本结盟。甲午战后，日本联华势力为改善和中国的关系，在中国展开了多方活动；中国维新力量也希望借助日本势力促成中国变法；光绪皇帝也倾向于中日联盟。