司马昱制约权臣：司马昱专总万机不久，桓温就专断伐蜀，从此开始了两人错综复杂的斗争。桓温和司马昱是布衣之友，原本关系密切，这也是他敢于专断伐蜀的感情基础，仗着两人的私交，但这以后就越来越跋扈，逐渐走上权臣乱国的道路。司马昱不是后世误解的是桓温的傀儡和帮凶，他在朝廷有巨大的威望和实力，是少数可以制约桓温的人之一。李雄集团亲晋，已经表示承认晋朝正朔，只要晋朝收复中原就归附，但桓温先攻伐蜀影响了后来复兴的巩固，司马昱对此也不满，在平蜀后任命周抚镇守四川牵制桓温，同时听从荀蕤建议没厚封桓温，而是厚封周抚、毛穆之等，开始对桓温进行制约。桓温镇守荆州，上游益州被周抚控制，下游江州、豫州也不在他手中。司马昱任命自己的亲信会稽王友谢尚担任江州刺史，是崇德太后的舅舅，也是朝廷重臣，又任命邓岳的弟弟邓逸镇守广州，被包围的桓温也不敢再妄为了。桓温回京后请司马昱兄弟游玩，让人突然加速行驶，但司马昱毫无畏惧，让桓温叹服，随后司马昱回请桓温，把桓温带到一个漆黑的屋中，桓温惊恐忍不住先问，司马昱在黑暗中仅回答在这，从此桓温知道司马昱深不可测。桓温在复兴中原时期，各方伯都开始北伐，其中梁州刺史司马勋、雍州刺史杨初都出兵了，最早出征的褚裒受挫去世后，司马昱任命殷浩继续北伐配合西部，连江州刺史谢尚都出兵北伐了，仅有桓温在荆州消极争权，甚至不北上而向东到武昌，进入谢尚的江州，司马昱用自己的威望和高崧的计谋写信让桓温退兵，此时的桓温也就听司马昱的，连谢氏都轻视，敢进入谢尚辖区。这时司马勋已经入关中，谢尚的前锋也到了邺城，苻洪和姚弋仲归降晋朝，慕容儁仍效忠，天下终于恢复统一，实现晋朝复兴。要是桓温能以民族大义为重，北伐到中原，配合司马勋和谢尚、殷浩等巩固中原，晋朝的复兴会长久，但是掌握晋朝最强军力的桓温背弃民族大义，拥兵自重拒不北伐，沦为历史罪人。桓温过分贪图个人权势固然可耻，但司马昱过分宽厚也让后世引以为鉴，以当时桓温得罪谢氏和殷浩，可以联合广州邓逸和益州周抚共同先罢黜桓温，否则也不会有后来桓温害死邓遐，谋夺益州罢黜周虓等阴谋。司马昱心软和司马无忌去世，造成他有些惜才有重要关系。