孙继明：
论文提出的“天河”概念只是创造了一个新名词，没有物理内涵上的创新。
吴国雄：
水汽输送通道和陆地上的河流完全是两个概念。大气中水汽输送通道不固定，也没有边界。多年来，大气科学理论已经达成的共识是，水汽输送的动力来自全球热力驱动。
我们上世纪末研究提出的青藏高原“感热气泵”观点，解释了水汽在喜马拉雅南坡爬升的现象。水汽之所以会输送爬升上青藏高原，依靠的正是热效应。
青藏高原作为地理上的隆起，形成了对周围大气的“感热气泵”——冬季，青藏高原上空的大气下沉并向高原低空四周排放；夏季，高原低空四周的大气则被高原“抽吸”上升在对流层上部向外排放。
这种周而复始的抽吸-排放作用导致的大气上升-下沉，正像一部巨型“气泵”，影响亚洲大气环流和气候季节变化。
“感热气泵”让我们相信，水汽输送并不是简单的物理空间上的“搬运”，而是一个伴随着诸如温度、地表条件、大气环流等等因素的复杂过程。
陆汉城：
大气中的水汽集中可以用“河”来表示，但是它与地球表面的固态水形成的河有着截然不同的概念。地表水的河有边界、有河床，但大气中的水汽是三维空间呈弥漫式分布，而且总是和复杂的大气运动联系在一起。
目前降水物理机理和准确预报仍然是具有挑战性的科学问题，特别是局部强降水（暴雨、暴雪、特大暴雨雪），是属于中尺度的天气现象，不仅涉及不同尺度环流相互作用，还涉及地球系统边界层的作用。
人类对自然现象的认识具有一定的限度，对地球系统（大气圈、生物圈、地球本身等）的任何人工控制措施都是在遵循规律的条件下才可能实现。
杜钧：
“天河工程”要实现空中调水，难点是跨区域的水汽搬运，要让雨下在黄河流域而不要降在长江流域，这超出了人类的能力范围。
我们目前还不可能在空中搬运水汽，也没有能耐让该下雨的云不下雨。
吴国雄：
人工降雨条件很苛刻，除了有云，还必须采取降温、增加凝结核等措施。最重要的是，还需要增强大气的上升运动。如果大气状态稳定，没有上升运动，有云也降不了水。
陆汉城：
人工影响天气技术发展100多年来，仍然是一项不成熟的技术。如果仅为监测大气中的水汽含量，目前已有足够的天基、地基、海基系统，因而“天河工程”的建设也是重复、多余的。