WMS软件和进销存管理软件的最大区别在于：
进销存软件的目标是针对于特定对象（如仓库）的商品、单据流动，是对于仓库作业结果的记录、核对和管理、报警、报表、结果分析，比如记录商品出入库的时间、经手人等。
WMS软件则除了管理仓库作业的结果记录、核对和管理外最大的功能是对仓库作业过程的指导和规范：即不但对结果进行处理，更是通过对作业动作的指导和规范，保证作业的准确性、速度和相关记录数据的自动登记（录入计算机系统），提高仓库的效率、管理透明度、真实度，降低成本。比如通过无线终端指导操作员给某订单发货：当操作员提出发货请求时，终端提示操作员应到哪个具体的仓库货位取出指定数量的哪几种商品，扫描货架和商品条码核对是否正确，然后送到接货区，录入运输单位信息，完成出货任务，重要的是包括出货时间、操作员、货物种类、数量、产品序列号、承运单位等信息在货物装车的同时已经通过无线方式传输到了计算机信息中心数据库中。