主要的原因是甲真菌，这些病原菌包括皮肤癣菌、酵母菌和霉菌。灰指甲与手足癣也有关。某些患者先患有足癣，由于瘙痒难忍常用指甲搔抓，长期反复搔抓摩擦，指甲很容易有破损，真菌乘虚而入就引起灰指甲。