二○XX年，检测到这个时代潜藏着的敌势力，为了将其彻底排除，政府在此处设立了一处极为特殊的本丸。
——这就是暴露于现实的「隐秘本丸」。
位于新宿，歌舞伎町。外表看似只是一栋不起眼的老式公寓，被同审神者一起派往现世的刀剑男士，就安顿在此处。
为掩人耳目，公寓同时也对外出租。因此，有可能会和人类共同生活在一栋楼中。为了适应现代的生活，刀剑们也换上了更符合这个时代的衣装。
溯行军有可能潜伏在城市的任何角落，甚至可能以人类的面孔出现。将其找出，而后斩杀吧。
虽然是这样，但机会不易——除去完成任务之外，请尽情感受现代生活的趣味吧！