首先是当时的局面，谢周突然发难，立毙两人，张心地仁厚出手阻止。元兵是领了军令护张一行周全，且武功远远不及张谢周三人。以当时局面，张无论是从武力和身份，都足以阻止局面恶化，如果没有暗箭，原本这就是一场误会，元兵虽伤两人，但绝计不敢抗军令而伤张一行，而谢周虽起杀心，但若无忌执意阻拦(就像后面回到中原上岸后那一场戏)，他们想下手也难！
所以从局势上分析，箭不可能是接令护张无忌周全的元兵放的。那么箭可不可能是接军令消灭张谢周的元兵放的呢？我先说答案——也不可能。

确定了元兵来意，谁放的冷箭就有些微妙了。可以确定不是元兵，加上这箭对在场人几乎是无差别伤害，放箭的只能是第三方势力。
这里需要说明一点，原本这些无差别杀伤的冷箭还有一种可能——是灵蛇岛原本就有的机关。但机关是需要触发的，知道机关的，金花婆婆远走西域，殷离“死”了(即便没死，无忌等也在攻击范围内，她可能不顾及他们的安危吗？)，除非是自动触发…可是先前他们在岛上居住近月，怎么没有触发到哪怕一个机关呢？所以我就将这种情况排除不考虑了。

一个全然不顾及张也不顾及元兵分第三方势力，知道张一行在灵蛇岛的，总共就明教总教、赵敏以及丐帮。不是赵敏一方，不是小昭所在的总教，那就只可能是丐帮陈友谅一方了。我们知道，此时丐帮已经上了巨鲸帮的地盘，占据了沿海地区。要想在沿海的航运码头上当地头蛇，那就必须处理好与元军水师的关系。可以想象，水师内部安插有丐帮的内应也是极有可能的。因为上面交待不能怠慢张无忌，这一小队元兵里的指挥官必然会亲自上岛迎接，等他下船，水兵中的丐帮奸细要想夺取指挥权应该不难。若是他们一时兴起想杀了明教教主去邀功，不自量力地放冷箭就不难理解的。
这里有个可供佐证的地方。其一，宋青书夜留丐帮，偷听了丐帮长老商议算计武当和明教的密会。愤然离开丐帮，差点让丐帮丢了他这根插入武当的楔子。显然，这次的密话是不希望宋听到的，自然其间说的话应该都是真的。而在这期间，陈友谅提到了张无忌跟峨眉掌门周芷若想来现在正在岛上逍遥。这个说法是很微妙的，因为当时江湖传言一直都是张无忌跟赵敏这个妖女跑了，陈友谅自己在岛上就亲见张无忌身边四女环绕。可他现在又为何只提周芷若而不提赵敏呢？当然他可能只是忘了说赵敏，但也不能排除丐帮现在其实知道岛上的真实情况(赵敏失踪，岛上只有张谢周三人)的可能。而丐帮之所以知道，两种可能：一是在灵蛇岛附近一直安插了眼线暗中监视，二是他们通过水师里的眼线得知了此种情况。无论是两种中的哪一种，都与灵蛇岛上丐帮放冷箭的推论是相吻合的。

另外，关于芷若和谢逊在客栈被抓，陈友谅为啥能够第一时间掌握张一行的动向？明明他是知道谢在灵蛇岛的，他却为何不直接多带人手再去灵蛇岛直接找张的麻烦呢？如果丐帮在灵蛇岛附近布有眼线，他在张三人身中十香软筋散时去袭击不是更有胜算吗？所以个人认为，丐帮的岛内情报是通过水师里的细作那里得来的。而当时陈返回中土后，原正欲找更多人去灵蛇岛，在得知灵蛇岛的情况以及赵敏要派人上岛救人后，将计就计，将细作安排在元兵小队中，以掌握张等人的动向。但如果让张跟着水师回到中土，谢逊包括倚天剑屠龙刀都会落到赵敏的势力范围里，那么丐帮就不好下手了。所以在元兵小队中的奸细，必须要确保张与元兵之间产生嫌隙，这样张一行才不会跟赵敏的人接头。而沿海已经是丐帮的地盘，只要不在官府的势力范围中，要确定张一行的行踪并伺机下手都是要方便的多的。
综上所述，灵蛇岛最后那一波冷箭就是丐帮在元兵水师小队中的细作在篡夺指挥权后，用以挑拨张与水师小队的手笔。在放完冷箭后，细作逃下船并以飞鸽等方式将张一行离开灵蛇岛的消息通知了丐帮高层。接到信息的陈友谅早早地在沿海布防，顺理成章地找到了张下榻的客栈，并挑准了张无忌出门的当口，下毒拿下了芷若和谢逊。

P.S.最后在这里稍微帮新剧强行解释一波这段冷箭戏加入的必要性。
跟不少观众一开始的观感差不多，初看这场箭雨，感觉就是突兀，莫名其妙。但我在这里不得不指出，你之所以觉得莫名其妙，最大的原因是你已经知道倚天的剧情——赵敏并不是灵蛇岛事件的真凶，所以她派的人不应该会放这一波冷箭。可是对于初次接触倚天剧情的观众，本剧到此处表观上赵敏就应该是灵蛇岛事件的黑手。那么她派兵来斩草除根，设下埋伏，想要乱箭射死张一行，你乍看之下并没有啥违和感吧？这是从观众的层面，这段剧情是进一步增加灵蛇岛事件的悬疑色彩，当你不相信赵敏会害无忌时，这场戏就是在给赵敏凶手论加码，将这场悬疑戏码推向更真假难料的局面。若是从剧中人物的层面，这场戏是为无忌后面再遇赵敏时掐脖子的戏码做感情铺垫。因为新剧在张无忌灵蛇岛惊变找敏敏归来后给忌敏加了戏。比如义父问他谁是凶手，他先前明明在怀疑赵敏却还是答“不知道”；又比如在芷若逼他发誓时，他拐弯抹角就是不说要杀赵敏报仇；再比如在灵蛇岛趋毒期间，他偷偷将敏敏送的金盒藏起来，被芷若举报后，在义父逼他将盒子扔进大海时，他伤心得几乎落泪；甚至经过义父和芷若一段时间的反复洗脑后，听到来人可能是赵敏派来救他们时，自然轻易表现出了信任。试问这样深爱着敏敏的无忌，这样自欺欺人的无忌，再见赵敏时又怎么可能一上来就掐她脖子呢？因此从人物行为逻辑的一致性和连贯性出发，再见赵敏之前必须有一场戏让张无忌对赵敏凶手论更加深信，这样他才会去下狠手。而这场戏，在新剧中显然就是那场飞来的箭雨，有了这场戏让张误以为赵想杀他们灭口，这才让再会赵敏那场戏，张一开始的掐脖子在人物行为逻辑上不至于跳跃脱节，毕竟那是张无忌少有的欲下杀手的时刻，何况不是对别人是对他深爱的赵敏。关于这一点，从张在掐赵脖子不忍而松手后，质问赵敏的那句“你为什么那么狠心，把我们仍在荒岛自生自灭还不够，一定要派人来杀我们灭口”，就能得到很好的证明。

3楼被吞了，补在这里

这个疑解的妙，之前还是有点一头雾水，果然需要一定的前后逻辑，才能看到后面张无忌下狠手要掐死赵敏的动机，这个铺垫还是能接受的，不过要是插入一两个丐帮间隙的画面，就更好理解。多亏了楼主的推理不足，否则又会产生这个剧到处是迷的赶脚