因为这部分钱实际已经给你了 进度款中扣回并没有改变这一点

预付款支付和扣回的实质是：应该在B时间点支付，提前到A时间点支付，并在B时间点支付进度款时，少付提前支付的部分。实际资金并没有扣回。应当把扣回理解为少付。

总造价=完工进度款+结算款=预付款+扣回（少付）预付款的进度款+结算款。

可以这么理解，总价款100万，预付款为0，进度款已经支付80万，则尾款应付100-80＝20万。
如果预付款为30万，那么在进度款支付中需要扣回为30万，则进度款实际支付应为80－30＝50万元。那么结算尾款时应为100-50-30＝20万。

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把第一次扣预付款理解为转化。预付款经过期中的扣回（转化），转化为实际的工程款。假设 第一次甲方给施工方10万预付款，第二天应该给施工方10万工程款，如果不扣回，结算的时候最后就多拿了10万（预付款），如果扣回预付款，前期的预付款就实际上“”转化“”为工程款，而结算金额就不会多10万了，两头金额就对上了。所以第一次扣回实际上是扣掉多给的，然后预付款转化为工程款。

简单理解就是 如果第一次不扣回，总价就多给你钱了，扣回了就是扣掉了多给的。最后预付款相当于工程款提前支付了

还是不理解

你买个手机1万块，提前给老板交6000定金，手机到货你，你付多少钱？这6000块定金分期付款，假如每月3000元。第一个月老板制作手机花4000，你在给老板付1000元，下个月还是一样，在付给老板1000元。那么2个月你实际支付了多少，2000元。最终手机制作好了，你应该支付老板多少钱呢？1万-进度款2000-预付款6000。预付款并没有实际扣回，抵了工钱而已。

进度款=已支付进度款+未支付进度款，预付款扣回的钱在未支付的进度款中，是为了保证最终结算时，业主方能够完整的扣回所有预付款。未支付的所有前都是你的，只不过要把别人的还完再给你就是了。