二楼喂度娘

（一）一切的开始:通古斯卡大爆炸
1905年，发生了历史上著名的通古斯卡大爆炸。一支调查团队前往调查，他们发现了埋藏在此处的外星遗迹。由于某种原因，整个团队仅仅四人生还。其中一个人为了封住洞口不让外星人出来为祸人类引爆了仅有的炸弹，自己也不幸身亡。剩下的三人则是:杰克布·哈格瑞夫、卡恩·罗许以及二代角色内森·古德的祖父。哈格瑞夫和罗许后来挖出这里的外星科技创办了后来创造纳米生化装的哈格瑞夫—罗许生化制药公司。而内森古德的祖父则在不久后逝世。留下了他的儿子，也就是内森古德的父亲。

到了后来，一次在扫荡古柯的行动中。当时还是美军少校的劳伦斯·巴恩斯（先知）对于CIA特工屠杀无辜平民的行为大怒，并出手将其殴打。结果自然不难猜到。
没错，那就是入狱。
来审问他的CIA上司对巴恩斯进行了羞辱，结果巴恩斯再一次怒火中烧。直接给那个上司给暴打了一顿。
之后本以为自己会被枪毙或者带进“恶魔岛”的劳伦斯巴恩斯突然获得保释。之后他被人带到了纽约。见到了他，哈格瑞夫

那之前，巴恩斯在一次行动当中遇到了被外星人控制的牧师，牧师把他叫做“先知”。也就是这之后。先知（prophet）成为了劳伦斯·巴恩斯的行动代号。

之后，美军收到了一支考古队伍的求救信号，他们派遣了身穿“纳米生化装”的“迅猛龙”小队前去灵山岛救出人质。一代剧情就此开始。
“迅猛龙”小队包括劳伦斯·巴恩斯、一代主角诺曼、英国飞行员，孤岛危机弹头主角赛可、以及杰斯特和阿兹提克。
先知在运输机上交代了任务之后，整个小队便跳伞前往灵山岛。但诺曼被不明物体袭击，伞包没能打开。幸亏纳米生化装抵消了大部分的伤害，但整个小队都错过了降落区域。
诺曼在前去和离自己最近的杰斯特会合的路上发现了朝鲜人民军。结果想都不用想，朝鲜人自然是打不过穿着纳米服的诺曼。
在和杰斯特会合之后，二人前往寻找阿兹提克，二人听到了阿兹提克的求救声。二人开启速度模式迅速前往，却发现阿兹提克已经惨死。
之后二人分开，诺曼前去寻找情报，而杰斯特则前去与先知会合

等到诺曼与先知等人会合的时候，他看到的正是考古队乘坐的船只。而周围竟布满冰雪。四人大为不解的是热带地区居然会有冰雪？
就在四人思考的时候，一个八爪鱼模样的生物抓走了杰斯特。等赛可诺曼先知到达的时候，杰斯特亦已惨死。为了不让纳米服技术落入朝鲜人手中。先知只得像销毁阿兹提克尸体那样销毁杰斯特的尸体。
之后，先知也被抓走了。
诺曼根据情报前往当地一处学校和赛可一起救出了人质。诺曼在撤离的途中遭遇了身穿仿制品纳米生化装的朝鲜精英特种部队。但就算这样诺曼还是干掉了这些朝鲜人。
紧接而来的美军登陆了灵山岛，与当地的朝鲜军发生了战斗。刚刚乘坐垂直起降飞机赶来的诺曼前往交战地点炸毁了朝鲜的防空炮之后，请求空袭支援炸毁了朝鲜军的军舰。之后和赛可与美军装甲部队会合。
故事到这里分为两条线，一条继续孤岛危机1的剧情，另一条承接孤岛危机:弹头 剧情

我们先说诺曼线，诺曼操控坦克与朝鲜坦克发生了坦克战，结束坦克战后一路杀进矿井，最终来到庆将军所在地。就在诺曼观察的时候自己被朝鲜纳米服战士击昏。等醒来的时候自己已经被擒住，庆将军不听劝告炸开了异形的大门口，到最后被诺曼所杀。但在撤离的途中人质被救走，诺曼没能撤离并且进入了异形的老窝。在那里他目睹了异形的一切行为并与它们交战，顺便还坐了个“过山车（人）”。等到诺曼终于找到出口的时候，一股强寒流笼罩了整个灵山岛，整个灵山岛被冰封在一座冰球当中。诺曼在与异形交战的时候先知从崖壁上跳下，并把自己的异形武器交给了诺曼，由诺曼掩护自己撤离。途中二人引爆了几处油桶来为先知损坏的纳米服提供能量。（勉强圆一下先知需要热源的桥段）
二人终于走出了冰球，没走多远就得到了当地美军的支援。诺曼重新拿起了大杀器——电磁能高斯步枪和先知给的外星武器与外星人交战，直到他们得到了VTOL的支援。诺曼开着飞机成功掩护了一些重要目标离开灵山岛，自己则随后回到了“宪法”号航空母舰上。

不错不错

接下来再说赛可线。赛可在轰炸军舰之后跟随一队车队前往某个地方，但突遭朝鲜人袭击。一架VTOL前来接应，但在撤离途中被导弹击落。
赛可走出VTOL后看到了朝鲜军带走了一个货柜。根据上司的情报，那个货柜里面带有关键信息。赛可一路追逐到了朝鲜人的一处潜艇里面。但还是遭遇了身穿朝鲜纳米服的李上校。李上校拿出了一个纳米服校准器。来折磨赛可。但赛可趁李上校分神的时候使用力量模式挣脱了绳索。交战的时候突然遭遇强寒流袭击。除了李上校和赛可全部被冻成冰雕

等赛可跑出来的时候，李上校开着气垫船拉着货柜逃之夭夭，赛可则开着另一个气垫船狂追不舍。但是最后……
追丢了。
一路上无非追追追杀杀杀砍砍砍，赛可终于重新找到了货舱，在追逐途中来到了一处桥梁。一位美军队员被李上校劫持并把他扔下了桥梁。赛可没能拉住他。在桥的边沿捡到了炸弹遥控器，在下落的过程中按下按钮炸毁了桥梁。
在河岸上，赛可拼命的抢救那位队员。但是天不遂人愿，没能抢救过来。
赛可放弃了抢救，在河岸陷入了迷茫，他转头看见了一个同样落难的朝鲜纳米服队员，赛可走了过去。朝鲜人的手枪对赛可的装甲毫无用处。直接被赛可按在水里捂死了。

顶个

赛可和他的队友欧尼尔继续追踪来到了一处机场，在那里消灭了ceph的大boss之后打算将货柜带回美军。但赛可显然是预料到了什么，开启隐身模式离开。果然，李上校带着两个纳米服队员现身。
李上校称“我们把它带回朝鲜，然后进行还原工作。”随后用朝鲜语吩咐了两名队员，朝鲜人随即占领了VTOL。
当李上校发现自己的子弹被挡住的时候，赛可现身打倒了李上校。
“我已经解决了那两个人，快带我们离开这里”赛可说罢便逼近李上校，但他显然忘了李上校的杀手锏。
没错，就是完全是一种折磨手段的“纳米服校准器”。
李上校启动了它，直接将它按在赛可的腿上。赛可受影响瘫倒在了地上。

李上校开启力量模式跳上了VTOL，一步步逼近驾驶舱门，赛可突然现身抱住了李上校。
二人扭打一番之后，赛可夺取了校准器狠狠的电了李上校一顿并把他和校准器一并扔下去。
欧尼尔驾驶着负重太大的VTOL，尽了全力才回到宪法号航空母舰上面。

自此，两条故事线又合到了一起。
诺曼根据指示来到了舰队司令莫里森上将处，司令表示他获得了美国总统的批准，要发动核弹攻击炸毁灵山岛的大冰球和外星人。但考古队员表示这可能没用，更有可能是在给他们送快餐。但司令油盐不进，执意要轰炸。
之前因为掌握关键信息而成为撤退优先对象的诺曼在接受纳米服检查之后，先知拿起了外星武器打算重回灵山岛，赛可通知他美军即将发起核弹攻击，先知称那没用反而会给他们送一顿大餐，然后又毅然离去。之后又目睹了美军的新式核能武器原型机，随后离去