早在1999年，
人们就已经认为大鳄龟属中可能存在着3个演化支系，
最终由托马斯（Thomas）等人的团队在2014年同时依靠形态测量学、种族遗传学以及化石等各方面的证据将这3个演化支系拆分为3个不同的物种：
大鳄龟（Macrochelys temminckii，通常分布于上图中较西部绿色的流域）、
阿帕拉契科拉河大鳄龟（Macrochelys apalachicolae sp.通常分布于地图上中部橙色的流域）、
萨万尼大鳄龟（又被音译为苏旺尼大鳄龟，Macrochelys suwanniensis sp.通常分布于地图上东部蓝色的流域），
国内的资料大多数都只更新到了2014年。
但实际上，
自这种分类方式被提出后不久就因为证据存在漏洞和矛盾而受到了质疑。

经过进一步的研究论证，
到了2015年，
布莱恩·福尔特和克雷格·盖耶证实将这3个演化支系分为3个不同的物种实际上是不准确的。
由于原定的普通大鳄龟和阿帕拉契科拉河大鳄龟无论是外观差异还是基因差异太小，
因此这两个演化支系不足以被认定是两个不同的物种从而被合并在了一起，
而萨万尼大鳄龟则独立出来坐稳了独立种的位置
（合并之后这两个演化支系并没有作为亚种保留，
所以至多只能当作同一种龟的不同种群）。
这种分类方式得到了众多研究机构的采信，
成为主流体系。
所以直到目前为止，
大鳄龟属获得承认的独立种只有两个：
大鳄龟（Macrochelys temminckii）和

萨万尼大鳄龟（Macrochelys suwanniensis）。

发现三者在外观上存在着差异。
如头部鳞状骨的凸起形状和尾盾外形的不同：
萨万尼大鳄龟的鳞状骨突起相比其他两个演化支系略显圆钝的鳞状骨突起要尖锐得多
（肉眼看不甚明显）；
萨万尼大鳄龟背甲尾盾缺刻为宽的月弧形，
其他两支则为V形缺刻
（其中处于中部流域一支的V形缺刻则要比处于西部流域一支的要窄而深一些）。

典型的苏旺尼大鳄：