嘉靖二十二年,严嵩入阁第二年,就先拿御史叶经开刀。由于叶经过去曾上疏弹劾过严嵩大受贿赂之事,严嵩怀恨在心。这年山东乡试,由御史叶经主持,在策问中有道关于边防的论题。世宗看了很不满意,以为语含讥讽。严嵩便马上叫人逮捕了主考官周獷等人,又向世宗密言:“这事实际上是御史叶经主使的。”世宗马上降旨,将叶经杖打80,叶经受杖重伤而死。周旷等人也被贬谪。严嵩借题发挥,激怒皇上,以打击夙敌,有所谓“小试牛刀”。严嵩为打击异己,甚至不惜谎议边事,陷害战将,手段毒辣。河套战略要地,对明边防十分重要,鉴于鞑靼部不时侵扰,总督三边军务兵部侍郎曾铣力主收复河套。内阁首辅夏言也支持曾铣的主张。
嘉靖二十六年,曾铣率兵出塞袭击取得胜利,再次提出恢复河套方略。适逢鞑靼又来谋犯边界,严嵩曾受过夏言的压制,又企图夺得夏言的首辅地位。便乘机指责曾铣轻开边衅,虚报军情,夏言附和支持,互相勾结,致边事告警,误国家大计。众党羽也群起攻击,以期激怒世宗。曾铣曾弹劾甘肃总兵仇鸾阻挠军事行动,仇鸾被逮问入狱。严嵩为了打击夏言、曾铣,便替仇鸾翻案,甚至代仇鸾写狱中草疏、诬告曾铣袭战掩败不奏,克扣军饷,及与夏言内外勾结,欺瞒朝廷。世宗对夏言已有些疑心。
听此诬告,也不求证,便将夏言削夺官职,退休还乡,并下令逮捕曾铣。要法司拟定罪名。最后将曾铣斩首,妻儿流放二千里,曾铣为将颇有胆略,长于用兵,且时有军功,被如此错杀,天下闻而冤之。夏言身为首辅,就这样被轻易处以极刑,这一特大冤狱震动全国。而严嵩从此登上首辅大位,独掌朝政。
由于朝廷的腐败,且自毁长城,削弱边防,给鞑靼有机可乘。面对俺答的进攻,仇鸾只会用重金去贿赂,乞求不进攻大同,俺答收了礼金,便引兵东去,攻下古北口。古北口一失,北京震动,兵部尚书丁汝夔急得手足无措,问计于严嵩,严嵩回答:“鞑靼抢够了,就会自己离去,我们坚壁不战是上策。”鞑靼军大肆抢掠数天后,押运着大批男女俘虏、驴马牲畜扬长而去