以原北京市地铁运营有限公司为基础，与京港地铁，北京轨道运营合并为北京市铁路局地下铁道管理局。

北京市铁路局地下铁道管理局（简称地铁局），是市铁路局主管全市地下铁道运营维护管理的职能部门。在市铁路局的领导下，进行工作。行政级别副局级单位，正职领导高配正局级。

内设机构17个:党委办公室，党委组织部，纪委办公室，团委，工会，审计处，组织处，财务处，技术处，法制处，保卫处，安监处，保卫处，车辆处，设备处，行车处，老干部处

下属支队12个:
北京市铁路局地下铁道管理局东城支队
北京市铁路局地下铁道管理局西城支队
北京市铁路局地下铁道管理局海淀支队
北京市铁路局地下铁道管理局朝阳支队
北京市铁路局地下铁道管理局丰台支队
北京市铁路局地下铁道管理局石景山支队
北京市铁路局地下铁道管理局通州支队
北京市铁路局地下铁道管理局顺义支队
北京市铁路局地下铁道管理局昌平支队
北京市铁路局地下铁道管理局房山支队
北京市铁路局地下铁道管理局大兴支队
北京市铁路局地下铁道管理局门头沟支队

北京市铁路局地下铁道管理局东城支队
支队机关设于东单车站
下辖:
王府街大队管理辖区内一线各站
北京站大队管理辖区内环线各站
磁器口大队管理辖区内五线磁器口以南，七线，八线南段，十四线各站
东四大队管理辖区内五线崇文门以北，六线，八线北段各站

北京市铁路局地下铁道管理局西城支队
支队机关设于太平湖
下辖:
复兴门大队管理辖区内一线各站
西直门大队管理辖区内环线各站
西单大队管理辖区内四线各站
菜市口大队管理辖区内七线各站

北京市铁路局地下铁道管理局门头沟支队
北京市铁路局门头沟分局地下铁道支队
支队机关设于石门营
下辖:
石厂大队管理辖区内S1线各站

北京市铁路局地下铁道管理局昌平支队
北京市铁路局昌平分局地下铁道支队
支队机关设于十三陵
下辖:
立水桥大队管理辖区内五线，十三线各站
回龙观大队管辖辖区内八线各站，昌平线巩华城，朱辛庄，生命科学园
南邵大队管辖辖区内昌平线沙河至昌平西山口各站