慢性腹泻根据其原因有以下几种可能：
a. 由内分泌系统不正常造成，如：肠易激综合症和五更泻；
b. 由长期缺乏维生素和矿物质等造成，主要可能缺硒、维生素A、维生素B12、维生素B6、维生素B9（即叶酸）、维生素D和钙镁等；
c. 由慢性炎症造成，如：湿热型慢性腹泻、溃疡性结肠炎、肠炎等；
d. 由免疫系统异常造成，即通常说的肠道过敏症状。
e. 由肠道息肉和肿瘤造成。
因而，可以用如下一般方法治疗：
a. 肠易激综合症：如果明显怕冷，同时一吃生冷东西或中医上说的凉性食品就腹泻，如：西瓜、梨、纯牛奶、哈密瓜、蜂蜜等，肠镜检查正常，不存在炎症息肉等问题，属于肠易激综合症，即中医上说的脾肾阳虚型慢性腹泻，服用布洛芬或谷维素+补硒片+维生素AD胶囊+复合维生素B+钙片+氧化镁片即可，效果相当好。布洛芬每天3-6粒（0.1mg/粒），每8小时1次，每次1-2粒（一般2粒）；补硒片和维生素AD胶囊按说明书服用。这类病人如果存在明显紧张症状，早晨一起来容易腹泻，而且往往30-40岁或更大年龄得病，则服用谷维素，另外服用复合维生素B（每天3次，每次3-4片）+钙片+氧化镁片+维生素AD，效果好很多。如果没有紧张（焦虑）症状，而且青春期期间或之后（10-20岁之间）很快得病，女性有或曾经有痛经症状，服用布洛芬。造成这种情况的根本原因是肾上腺激素或前列腺激素分泌过多，使肠道等非常紧张，蠕动过快，一遇刺激马上腹泻。多数病人（约70%）的主要原因是肾上腺激素过多，容易紧张，早晨容易腹泻。谷维素每天服用3次，每次5-20粒，开始时用10粒左右，以后根据情况调整，可很快消除紧张易激症状。如果是肾上腺激素过多，服用谷维素；前列腺激素过多，服用布洛芬。如果有脚癣，加服维生素B1；如果有流鼻血，加服维生素B2；如果服用以上药物后出现口腔溃疡或便秘，将剂量减小。这类病人如果为女性，往往还带有原发性痛经，治疗方法相同。对于这种疾病，常用的中成药为桂附理中丸、附子理中丸或参苓白术丸，有早晨容易腹泻的另外加服中成药四神丸。注意服用布洛芬的病人应当没有胃溃疡、十二指肠溃疡等溃疡性疾病，否则会使溃疡恶化。
b. 五更泻：如果明显怕冷，一般早晨起来时马上腹泻，或早晨起来时吃生冷东西会马上腹泻，平时不腹泻或至少严重程度较轻，肠镜检查没有红肿溃疡等炎症或息肉迹象，病人往往还经常存在明显紧张的情况，应当为五更泻。治疗方法是：吃补硒片+复合维生素B+钙片+氧化镁片+谷维素+维生素AD胶囊，应当效果不错。有的病人可能还要吃布洛芬（即同时也前列腺激素分泌过多），剂量一般为每天早晨1-2粒（如有必要，晚上可以加吃1-2粒），补硒片按说明书服用，复合维生素B每天3次，每次3-4粒，钙片和氧化镁片按说明书服用。谷维素每天3次，每次10粒左右，以后调整。如果有脚癣，加服维生素B1；如果有流鼻血，加服维生素B2；如果服用以上药物后出现口腔溃疡，将剂量减小。造成这种疾病的根本原因是肾上腺激素分泌过多，导致肠道等过于紧张，一遇刺激马上胃肠蠕动很快形成腹泻。人体生物钟的控制会使人早晨时肾上腺激素分泌特别多，所以这种症状在早晨会特别明显。平时特别紧张的人，甚至一紧张或坐车就腹泻的病人，通常属于这种情况，都可以按照以上方法治疗。这些药物的作用是缓解消除紧张，抵消肾上腺激素的作用。如果吃了以上药物效果不够好，还可以服用适用于五更泻的常用中成药四神丸或参苓白术丸，服用中成药六味地黄丸补肾也有一定疗效。部分病人怕冷严重，还可能缺少维生素A，即如果服用以上药物后效果不够好，可以加服维生素A。肾上腺激素过多与前列腺激素过多在症状上的区别是前者通常非常紧张，后者则不是，但后者除了腹泻以外，还容易呕吐、痛经。
c. 溃疡性结肠炎和肠炎：对于慢性炎症造成的慢性腹泻，可以服用大剂量谷维素，每天3次，每次5-20粒，一般可以吃10粒。注意这种病人应当肠镜检查有红肿、溃疡等症状，平时大便可能出血，即有脓血便症状，或化验大便存在隐血现象。这类病人往往还带有慢性胃炎症状，即可能有胃溃疡和十二指肠溃疡，通常可以胃肠疾病同时治疗。造成溃疡和腹泻的常见原因是幽螺门杆菌感染，可以优先考虑用四联疗法去除幽螺门杆菌。四联疗法之后若效果不够好，才可以考虑使用谷维素和复合维生素B。四联疗法一般指奥美拉唑、阿莫西林、克拉霉素片、丽珠得乐等药物，抗生素用2周，其他用6-8周，应该有一定效果。对于四联疗法效果不佳，同时也不属于其他类型的慢性腹泻，可以服用复合维生素B+谷维素长期控制，也可服用他丁类药物调节肠道菌群，控制慢性腹泻。另外，如果溃疡不严重，补充维生素A、D、复合维生素B和钙片对控制慢性炎症也有很多好处，大部分这类病人补充这些维生素后症状会明显减轻或消失。
d. 免疫异常导致的慢性腹泻：对于免疫系统异常即过敏产生的慢性腹泻，服用氯雷他定和维生素A，补充复合维生素B和维生素C、E也有辅助效果。临床中还经常发现这类病人也有维生素矿物质缺乏现象，单独服用氯雷他定效果不够好，可以再服用水苏糖或益生菌，以及一些维生素矿物质。这种病人通常还带有其他过敏现象，如过敏性鼻炎等，应全面了解其身体状况做出正确判断。
e. 湿热：这类病人属于中医上说的湿热现象，主要由湿热造成慢性腹泻，这种病人不怕冷，但怕热，出汗较多，腹股沟等处容易生癣等，实际上是由肠道内真菌过多造成，可以服用黄连素或甲硝唑一到二周。
f. 腹泻便秘交替：临床上还存在腹泻与便秘交替的现象，这也与内分泌有关，可以服用中成药小建中颗粒，在腹泻时加吃布洛芬+补硒片+维生素AD胶囊+复合维生素B，布洛芬每天3-6粒（o.3-0.6mg）；在便秘时服用水苏糖或低聚果糖，复合维生素B，这样治疗效果就会好很多。这种病人通常为女性，腹泻便秘交替的周期与月经周期通常相同。
g. 痛经伴发的慢性腹泻：有原发性痛经或其他痛经的女性，如果经期腹泻严重，经血明显偏多，人偏胖，痛觉比较厉害，其实也由内分泌疾病引起，可以服用布洛芬+补硒片+复合维生素B+钙铁锌片+氧化镁片+维生素AD胶囊，即可消除疼痛和经血过多，又可治疗慢性腹泻，效果不错。布洛芬的剂量为每天3-6粒，分3次服用，一般可以每8小时1次，每次2粒，其他按说明书服用，效果令人满意。这种疾病的根本原因是经期前列腺激素分泌过多，而且这种病人平时还存在雌激素过多的问题，服用布洛芬可以降低前列腺激素水平，维生素A和补硒片有利于减少经血量，其他为辅助药。注意服用布洛芬的病人应当没有胃溃疡、十二指肠溃疡等溃疡性疾病，否则会使溃疡恶化。
h. 维生素矿物质缺乏：以上病人还经常带有维生素矿物质缺乏症状，如怕冷和掉头发，为缺乏硒或维生素A；胃部腹部隐痛，一般为前列腺激素或肾上腺激素过多造成，按以上描述服药；经常有脚癣脚气，服用维生素B1+复合维生素B，也可服用红豆薏米粉；有流鼻血现象，服用维生素B2；有脂溢性皮炎（头发、脸部油很多，甚至有痤疮），服用维生素E+维生素B6；胃部翻江倒海，服用维生素A+维生素B12+维生素B9（轻度时也可服用维生素B1+复合维生素B+维生素B2）等；带有关节炎或骨质疏松，服用钙片+维生素D+氨糖+氧化镁片。腹泻不严重，每天2-3次，大便不成形，往往属于这种情况，大多数可以补充维生素A、D、复合维生素B、补硒片、钙片、氧化镁片解决问题。
以上为慢性腹泻的一般治疗办法，有此问题的病人可仔细阅读，按症状考虑服用。通常胃肠疾病由共同的原因引起，可以一起治疗。胃肠疾病通常也是全身性疾病，能够引起全身性影响，了解身体其他部位的情况也有利于正确判断疾病的情况，拿出符合实际情况的治疗方案。