“桓温废立是拉司马昱当过渡工具”这个观点近几十年非常流行，大概是受《东晋门阀政治》一书的影响，史书上并没有这个观点。
《东晋门阀政治》：桓温置简文帝于皇帝地位，与当年置郗愔于徐州刺史地位一样，又一次使用了欲取先与的策略，不过这次是在最高的权力层次上使用。
《晋书》记载“温初望简文临终禅位于己，不尔便为周公居摄。”也就是说，桓温希望简文帝临终时禅位给自己。桓温在简文帝活着的时候，无论是简文帝执政时期，还是即位后，都没有向朝廷表露要皇帝禅位给自己，或要九锡的意思和行为。不过桓温本来有打算北伐前燕成功后，向简文帝讨要九锡，但后来的事，你们都知道。
只简单论述他俩的政治关系变化:先是司马昱翻车，导致桓温势力膨胀，后来桓温北伐翻车，就没有向司马昱讨要九锡的实力了。(所以说，人最大的对手还是自己。)
《东晋门阀政治》的作者田余庆认为桓温已经完全掌控司马昱，立他就是等着适当时机拉司马昱禅位。其实是司马昱活着的时候，桓温没掌控他，等他临终的时候，就想着舍我其谁了。
桓温有野心毫无疑问，这是公论，很了解桓温的人也知道。桓温废立确实出于野心，他野心不死，即使北伐失败，还想尝试能不能继续自己的大业。不过，桓温最后因为主客观也没有实际作出谋反之举。
在论文《司马昱与门阀政治》，作者对“桓温废立是拉司马昱当过渡工具”这个观点提出了质疑，但是质疑过度，走向了另一个极端，认为桓温“废”是不得已，只是为门户计。
《司马昱与门阀政治》这篇论文中有一些较好的观点，但是有些观点并不是很可靠。
作者还提到《宋书五行志》“西昌修明之祥”的记载，认为此祥瑞是当时政治需要，人为制造而成。
《宋书志第二十二◎五行三》：晋哀帝兴宁三年五月癸卯，庐陵西昌县修明家有死栗树，是日忽起生。时孝武年四岁，而简文居蕃，四海宅心。及得位垂统，则祚隆孝武。识者窃曰，西昌修明之祥，帝讳实应之矣。是与汉宣帝颇同象也。
事实上同章也有晋康帝的类似记载。所以这类祥瑞记载更可能是后人为神话皇权虚构而成。
《宋书志第二十二◎五行三》：晋成帝咸和六年五月癸亥，曲阿有柳树倒地六载，是月忽复起生。咸和九年五月甲戌，吴雄家有死榆树，是日因风雨起生。与汉上林断柳起生同象。初，康帝为吴王，于时虽改封琅邪，而犹食吴郡为邑。是帝越正体飨国之象也。曲阿先亦吴地，象见吴邑雄舍，又天意也。