与化肥相比，生物有机肥具有节能、环保等诸多优点：
(1)生物有机肥营养元素丰富，化肥仅有一种或几种肥料营养元素；
(2)生物有机肥可以改善土壤；化肥的频繁使用会导致土壤变硬。
(3)生物有机肥改善了产品的质量；化肥施用量过多，造成产品质量低下。
(4)生物有机肥能够改善作物根际微生物群，提高作物对病害的抵抗力；而肥料是单一作物微生物群。容易遭受虫害。
(5)生物有机肥可促进肥料的使用，提高肥料利用率；单独使用肥料很容易造成养分固定和流失。