有机肥是富含有机肥的统称，主要包括农家肥、人粪尿、各种家畜圈肥、各种绿肥、堆肥、农作物秸秆、柴草落叶、沼肥，当然包括商品有机肥。作物不能吸收利用植物秸秆、落叶杂草、树皮等有机物质，作物吸收利用有机物质腐烂分解形成的腐蚀酸、氨基酸等。作物的生长不仅需要氮、磷、等无机合成营养和矿物质营养，还需要腐蚀酸、氨基酸等有机营养。有机营养是连接植物、土、微生物营养。
与有机肥相比，生物有机肥效果好！
有机营养的主要作用
1.直接参与植物的新陈代谢。植物可以直接吸收简单的糖、氨基酸、腐殖酸等有机物，直接参与植物的内部转化、代谢、合成等生化过程。2.提高矿物质的有效性和肥料利用率。腐殖酸中含有大量的有机酸，使土壤中的难溶性矿物质养分可以溶解，有利于同亲脂和细胞膜的亲和，提高矿物质营养元素的有效性。3.提高作物的抗性。腐殖酸中的水溶性多糖可以调节植物细胞质浓度，降低冰点可以使植物抗寒，生物碱、酸可以抵抗或杀死病原菌和有害昆虫，增强植物的抗性。4.激活和增加土壤有益微生物。腐殖酸为土壤微生物提供了足够的营养，增加了土壤微生物的种群和数量。5.土壤理化性质的改善。土壤活性有机物与腐殖酸中的矿物质形成有机胶体，促进土壤团粒结构的形成，可改善土壤的水肥气热状况。
施生物菌肥，可提高土壤微生物数量，使土壤活化，提高土壤养分利用效果。微生物菌肥对植物微生物代谢循环具有催化作用，能促进土壤团粒结构的形成，改善土壤内部空间，增加土壤生物活性，增加有效养分的释放，有利于根系的生长，提高植物的抗逆性。微生物与有机肥配合使用，有机肥提供有机质，生物肥提供有益微生物，而有机质又是微生物的食物，土壤中有机质越多，微生物就越有活力！

有机物质提供大量食物给有益微生物，有益微生物促进有机肥的腐殖化，两者相互配合施肥，互相促进，取长补短，互相利用，可以改善土壤疏松度，提高其透气性和保水性，增强根系吸收能力，提高肥料利用率，从而减少化肥用量。土壤中的无机肥料通过有机质的分解、转化，间接地被作物吸收，而有机质的增加又促进了土壤活性的提高，为微生物的生存活动和繁殖创造了空间，而生物的大量活动又使土壤活性提高，形成一种非常有利于土壤的良性循环。
有机质含量增加，作物抗逆性增强，将土壤中残留的无效磷、无效钾等转化为有效磷、有效钾，用于作物吸收利用，减少化学肥料用量，提高肥效，降低成本。因此，要将有机肥与微生物菌种相结合，制成微生物菌肥，即所谓的生物有机肥，这样的肥效更佳。若加中药渣，黄腐酸钾，氨基酸等配料，效果会更显著。