人体肠道内数目庞大的细菌大致可以分为三个大类：有益菌、有害菌和中性菌。
有益菌：也称之为益生菌、共生菌，如双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、梭菌等。
有害菌：又称致病菌，顾名思义就是有害的细菌，比如沙门氏菌、致病大肠杆菌等。
中性菌：又称条件致病菌，主要有肠球菌、肠杆菌等。
人体的健康与肠道内的益生菌群结构息息相关。人体在正常情况下，菌群结构相对稳定，表现为免疫力强，不易致病。有研究指出，体魄强健的人肠道内有益菌的比例达到70%，普通人则是25%，便秘人群减少到15%以下，而癌症病人肠道内的益生菌的比例能低到只有10%甚至更少。