养殖废水处理在养殖中也是养殖主最为头疼的事情，一万头猪每天要排放100-150吨的废水，养殖废水的处理难度也较大，如果不处理直接排放会造成，严重的地下水，水体发臭，土壤和空气的污染，，影响人们居住环境和身体健康。排入鱼塘及河流使对有机物污染敏感的水生生物逐渐死亡， 严重者导致鱼塘及河流丧失使用功能。
　　农村养猪污水处理流程：
　　一级处理：
　　养猪污水无论以何种工艺或综合措施进行处理, 都要采取一定的预处理措施。通过预处理可使废水污染物负荷降低, 同时防止大的固体或杂物进入后续处理环节, 造成设备的堵塞或破坏等。针对废水中的大颗粒物质或易沉降的物质, 畜禽养殖业采用过滤、 离心、 沉淀等固液分离技术进行预处理, 常用的设备有格栅、 沉淀池、 筛网等。
　　二级处理：
　　养猪污水由于其特性，含有大量有机物，宜采用生物的方式进行处理，一般来说需要采取多种处理方法相结合的工艺，常采用进一步的好氧处理(氧化塘等)来作为厌氧处理的二级净化，这也是目前处理高浓度有机物污水的一种好方法，也是许多规模猪场采用的废水处理方法。
生物处理法好氧池、厌氧池、缺氧池降解氨氮总氮COD指标，需要运用到微生物菌种。
甘度复合细菌是由6个属共50多种细菌组成的复合菌系，可以适应不同的水质环境，并从中自主分化选择出特异性强的菌种，自主适用面极广。
甘度复合细菌主要包含硝化细菌属、反硝化细菌属、芽孢杆菌属、假单胞菌属和活化酶以及多糖等其它营养物。我们将这些成分按照适当的比例（非公开）复壮后，采用干冻法使菌种处于休眠状态，从而制得干粉状菌种。
甘度复合细菌具有其他细菌所不具备的强适应性，在不同的工业废水中均有很好的效果，经驯化后耐盐度高达2%，饥饿时间可达10d以上。

甘度硝化细菌是由 5 个属共 27 种不同的硝化细菌组成的复合菌系，所以可以在不同的污水水质中选择性的筛选驯化出合适的硝化污泥，适用面及其广阔。
硝化作用分为两个阶段，即亚硝化（氨氧化）和硝化（亚硝酸氧化），分别由两类化能自养微生物完成，亚硝化细菌进行氨的氧化，硝化细菌完成亚硝酸氧化。
反硝化细菌（denitrifying bacteria ）在缺氧条件下，还原硝酸盐N03-，释放出分子态氮（N2）或一氧化二氮（N2O）的过程。大部分反硝化细菌是异养菌，例如脱氮小球菌、反硝化假单胞菌等，它们以有机物为氮源和能源，进行无氧呼吸来脱氮。
　　三级处理：
　　养猪废水经过二级处理之后，已经去除大部分污染物，若要达标排放或是回用于其他生产环节，还需要相应的深度处理，即三级处理，包括消毒，加药沉淀等等，使出水水质更好。