地铁2号线二期昆明火车站站—南坝站区间隧道经充分优化后仍需拆除昆明火车站行包综合楼后方能开展区间盾构施工。昆明火车站行包综合楼的一、二层为铁路行包业务使用，三至六层为昆明铁路公安局办公使用。
自2015年以来，经省、市政府多次协调，并提出多种安置方案，就行包综合楼搬迁及还建事宜均未与昆明铁路局、昆明铁路公安局达成一致意见。
2022年2月以来，省人民政府、省交通厅和市委、市政府先后多次组织召开现场会、专题协调会，结合昆明火车站周边环境整治提升行动，推进昆明站行包综合楼的拆除工作并明确了拆除时限。经多次对接协调，目前昆明市已与昆明铁路局、昆明铁路公安局就行包综合楼的搬迁、拆除和还建等事宜基本达成一致意见，拟于近期由昆明市人民政府、昆明铁路局、昆明铁路公安局、昆明轨道集团等四方共同签订《昆明火车站行包综合楼搬迁及还建协议》，待四方协议签订后，方可开展行包综合楼的搬迁、拆除工作。 按照省人民政府工作要求，预计可在2022年8月底前完成行包综合楼的拆除并启动地铁2号线二期昆明火车站站—南坝站区间隧道的盾构施工。