论文答辩的目的，对于组织者——校方，和答辩者——论文作者是不同的。校方组织论文答辩的目的简单说是为了进一步审查论文，即进一步考查和验证论文作者对所著论文论述到的论题的认识程度和当场论证论题的能力；进一步考察论文作者对专业知识掌握的深度和广度；审查论文是否由学员自己独立完成等情况。
第一，进一步考查和验证毕业论文作者对所著论文的认识程度和当场论证论题的能力是高等学校组织毕业论文答辩的目的之一，通过对提问和答辩可以进一步弄清作者是由于哪种情况而没有展开深入分析的，从而了解学员对自己所写的论文的认识程度、理解深度和当场论证论题的能力。
第二，进一步考察毕业论文作者对专业知识掌握的深度和广度是组织毕业论文答辩所要达到的目的之二。撰写毕业论文的主要目的是考查学员综合运用所学知识独立地分析问题和解决问题的能力，培养和锻炼进行科学研究的能力，让作者当场作出回答，从而就可以检查出作者对所论述的问题是否有深广的知识基础、创造性见解和充分扎实的理由。
第三，审查毕业论文是否学员独立完成即检验毕业论文的真实性是进行毕业论文答辩的目的之三。撰写毕业论文，要求学员在教师的指导下独立完成，在答辩会上可通过提问与答辩来暴露作弊者，从而保证毕业论文的质量
对于答辩者(毕业论文作者)来说，答辩的目的是通过，按时毕业，取得毕业证书。学员要顺利通过毕业论文答辩，就必须了解上述学校组织毕业论文答辩的目的，然后有针对性的作好准备，继续对论文中的有关问题作进一步的推敲和研究，把论文中提到的基本资料搞准确，把有关的基本理论和文章的基本观点彻底弄懂弄通。
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