内分泌失调：如糖尿病或甲状腺功能减退症，也会通过影响消化系统导致口腔平衡失调。
其它可能会导致灼口综合症的原因，比如过度的口腔刺激，可能是由于过度刷牙，使用牙膏，过度使用漱口水或过多酸性饮料；还有可能是一些心理因素比如焦虑，抑郁或压力，都会成为灼口综合征的诱因。