《宝可梦：朱紫/太晶之旅》
宝可梦动画系列的新作。
流浪至帕底亚地区的海滩上，被路过的少年罗伊救醒的少女，莉可，以及宝可梦密勒顿，正在踏上一场全新的旅程。
莉可的记忆完全空白，手中仅仅持有一只空置的精灵球。(根据吧友的猜测，可能存在第四个球)
对于自己手中的空白球、以及自己的过去一概不知，但是莉可的心中有一个无比强烈的愿望，那就是击败帕底亚的所有训练家，成为“宝可梦大师”。
莉可和罗伊的路并不重叠。罗伊是一名喜欢自由自在旅行的训练家，而莉可不同，似乎她的全部意义就是战斗。一个和外表不同，对于战斗简直是痴迷的反差系少女，在认识了派帕、牡丹和尼莫以后，完美地完成了那些有关战斗的委托和期待。
但是对于莉可来说，战斗的过程中当然要使用太晶化，可是每一次使用太晶化的时候，她本人也在承受某种精神冲击——然而这并不可能，毫无疑问莉可是人类，而人类不可能和太晶珠共鸣。使用太晶化时，莉可内心对于战斗的渴望似乎在以某种方式被勾勒，而她会下意识地恐惧。
此外，在道馆战斗的时候，莉可也曾经表现出完全不正常的狂暴——但是对于罗伊来说，这只是她不正常的几分之一而已。
最后，在一同前往巨坑地底、战胜了博士AI以后，莉可在队尾默念着笔记中的一句话——“当我一直需要一个帮手的时候，很快我就得到了我的ai。”之后，并没有走出第零区。
《宝可梦：朱紫/真愿结晶》
自从造访帕底亚地区以后，小智遇到的异象已经越来越多。
到访帕底亚地区的原因是来此处的联盟参观学习，对于小智来说，联盟如今是一个极为复杂的目标：世界锦标赛并不是联盟的正赛，他即使已经是世界第一，那也是暂时的并且没有得到联盟认证的世界第一。可是小智既然已经身处高处，就已经难以再用曾经挑战者的角度去纯粹快乐地挑战道馆联盟。
来到帕底亚不久，就因为异常天气而被卷入海浪，在岸边苏醒以后已经不知道过了多久，皮卡丘虽然仍在身边，但是似乎有什么东西【消失了】。
结识了同样倒在岸边的固勒顿以后，小智和皮卡丘凭借多年经验，立刻察觉到它并不是正常存在的宝可梦，但是因为它非常可怜，所以小智和皮卡丘仍然把它当做同伴，并且在旅行中帮助它恢复力量。
但是现在的小智感觉到了某种不同：他对于战斗的渴望已经不是那么强烈了，甚至有想要避开战斗的意识。可是，在拥有太晶珠并且使用太晶化的瞬间，小智会偶然感觉到曾经的热血有所回归。
直觉让他开始调查太晶化的起源。太晶珠已经遍布帕底亚，但是只有联盟人士才知道有关的信息。联盟的会长明明知道小智的地位，却仍然有些不屑一顾，让小智察觉到了一丝违和。于是他和皮卡丘、固勒顿一起，从暗中开始调查帕底亚联盟的历史以及太晶珠的来源。
种种迹象都表现了谜团的尽头指向了第零区。但是，在这个过程中，比调查更难的是面对自己的内心：小智必须去思考什么才是自己的存在方式，自己的旅行和宝可梦大师的目标究竟哪个更重要，亦或者是否能够共存，自己的战斗都收获了什么，究竟为什么想要成为宝可梦大师——在曾经旅途里留下的疑问，此刻成为他诘问自己的枷锁。
在最终决定前往帕底亚之后，小智得到了朱紫之书的后半本原稿，上面记载的“圆盘宝可梦”和“复合神兽”让他感到毛骨悚然。长期的调查中，小智已经发现，许多悖论种宝可梦的存在，根本就是和已知的前提冲突，这之后一定隐藏着巨大的谜团。
不久后，小智得知，一个青少年探险队在前往巨坑以后一位少女失踪，而会长也慈竟然封锁了第零区，察觉到问题的小智和皮卡丘带着固勒顿深入第零区，却发现了太晶化的莉可和密勒顿。
所有的猜想在此刻化为现实：不知从何而来的第三神以人们，利用太晶力量伪装自己，从而以太晶为介质，吸收人们的愿望并将其实现，然后诱骗其付出生命，密勒顿和固勒顿就是在这种情况下诞生的。在小智初到帕底亚之时，其强烈的愿望被第三神所捕获，将小智的好战愿望剥离出形成了“莉可”。
然而，无论是莉可还是小智，都不愿意束手待毙——联手击退第三神以后，第三神逃往了帕底亚未开放区域。
最后，莉可身上属于小智的那部分好战心回到了小智身上，而莉可如今已经成为了拥有独立人格的人。
之后，莉可前往未开放地区，寻找第三神的下落。小智则站出来击败了第三神签订契约的走狗也慈，并且在他的影响下，帕底亚的联盟得到了重组，回归了原本的赛制。已经解开心结的小智，决定像莉可那样，不再考虑过去的事，只在这一刻为了心中的全部热爱而战斗，于是再次踏上了联盟的赛场。