“嗟惟往昔，岁在丙寅，与兄邂逅，会意交神，同驱大道，期以终身……”
多年以后，为他的朋友王守仁写下祭文时，湛若水准会想起他们在京师相遇的那个时刻。

正德五年后，王守仁获得平反，收敛锋芒， 从知县一路做到都察院左佥都御史，被派往江西南部平定匪乱，终于一展军事才华，但也为权臣所忌。若水觉察到局势的微妙，曾经多次在书信中提醒守仁要及时“脱驾”。当时广东山贼频发，守仁也提醒若水不要独居山野。关切之情，殷于骨肉。
不过，尽管局势忧危，他们仍然没有忘记在书信中论学，二人的差异也渐渐显露出来。比如，对佛老之学，守仁比较通达，他以为老氏“清净自守”，释氏“究心性命”，“于圣人之道异，然犹有自得也”，远胜过世之俗儒雕琢章句、相饰以伪。若水则谨守儒门藩篱，认为儒释道三学从根柢上就不同，不可混一。再如，《大学》的入手工夫“格物”，守仁解释为 “正念头”。若水则以为若如此解释格物，则与《大学》下文的“诚意”“正心”无法分别了。况且，若无学问之功，亦无从判定正与不正，人人都可以说自己正而别人不正。因此，若水将“格物”解释为 “造道”：“格即造诣之义，格物即造道也。知行并进，博学、审问、慎思、明辨、笃行皆所以造道也。”总之，守仁和若水都相信天理为内心所固有，但守仁更强调内心的自我醒觉，而若水以为必须通过学问思辨之功，特别是“学于古训”，才能唤醒内心。二人经常在书信中直率地批评对方，但他们的友谊一直延续下去，和而不同，有古君子风。

顺便提一句，大概正是因为强调“学于古训”，与一般意义上的理学家不同，若水对古代经典多有检讨。他在隐居西樵山期间即著有《二礼经传测》，后来又有《春秋正传》《厘正诗小序》《古乐经传全书》等著作，大胆厘正前人传注之谬。尤其是《春秋正传》，连一向鄙薄明人的四库馆臣也有较高的评价：“若水能举向来穿凿破碎之例，一扫空之，而核诸实事，以求其旨，犹说经家之谨严不支者矣。”

正德十六年，嬉游无度的明武宗暴卒，嘉靖帝以旁支入继大统，朝政一时有了更新的希望。若水被征召，回到翰林院任职。多年的隐居穷索使他更加自信，给皇帝讲课时，他用他的“随处体认天理”之学来解释经典，并排比史事，编成煌煌百卷的治国教科书——《圣学格物通》。孰料皇帝并不在意什么体认天理，他更关心如何使自己成为天理。嘉靖帝先是通过“大礼议”扳掉了钳制他的顾命老臣，接着继续“制礼作乐”，纷更制度，树立权威。这场运动持续了好几年，其时若水已升任祭酒、侍郎等职，依违其间，处境尴尬，不过还是在几件事情上体现出了清流本色。
明代制度，每年冬至，皇帝在奉天殿合祀天、地。嘉靖九年二月，皇帝认为天尊地卑，不能混在一起，应该分开祭祀，以此彰显君为臣纲。若水上疏劝皇帝体察明太祖合祀天地的用心，不要轻易更张。此举已批逆鳞。这年十月，皇帝又革去孔子的“大成至圣文宣王”之号，改称“至圣先师”，降低孔子的祭祀等级，用意更加明显，是要用君主权威来压制孔子所代表的师道。若水虽没有提出异议，却在次年上了一封奏疏，劝皇帝“收敛精神”，“凡于笾豆之类，付之有司”，别搞这些礼乐工程了。这真是给正在兴头上的皇帝浇了一盆冷水，于是嘉靖帝毫不客气地训斥道：“尔既欲朕收敛精神，便不必烦扰！”不过虽然没有惩罚若水，暗地里的忌恨还是有。若水去世之后，其曾孙循例请求谥典，嘉靖帝不但拒绝，还大骂若水“伪学乱正”，可见他对若水的坏印象之深了。

若水“平生好游，所至辄与士大夫讲学”，学生越来越多，并在不少地方建有书院。据说，若水的甘泉学派与守仁的阳明学派当时有中分天下之势。天下人称前者为“广宗”，后者为“浙宗”。这使得官方的朱子学受到冲击，不能不招致疑忌。嘉靖十六年四月，御史游居敬弹劾若水说：“王守仁之学主于致良知，湛若水之学主于体认天理，皆祖宋儒陆九渊之说而少变其辞，以号召好名媒利之士……乞戒谕以正人心、端士习。”尽管王守仁已于嘉靖七年去世，不期然此时又一次成为湛若水的难兄难弟。好在嘉靖没有下狠手，只是禁毁若水所创书院了事。
明代士人最重出处去就。若水受此侮辱，却没有果决去位，成为当时士大夫圈子里的一大话题。对此，他亲近的学生亦不能理解。若水则苦口婆心地向人解释“仕止久速”之义，大概他真地相信自己所为合乎出处之义，坚持任职到嘉靖十九年七十五岁高龄时才致仕。回乡后，仍然秉性不改，在罗浮山朱明馆、广州天关讲堂等处讲学，又在家乡办乡约，撰写《非老子》等书。游览之兴亦不衰，甚至于七十九岁、九十一岁高龄时两次前往南岳衡山游览。九十五岁那年还约弟子一起去武夷山，可惜突然去世，没能成行。由此，湛若水可谓中国古代养生最成功的思想家，可能也是最爱旅行的思想家。

几百年过去了，关于湛学与王学的关系，一直聚讼不已。有尊王贬湛者，如黄宗羲，以为甘泉之学仍为宋儒旧说所拘，“不能无病”。（《明儒学案•甘泉学案》）也有尊湛贬王者，如章太炎，认为若水之学“心体万物而不遗，所见远出文成之上”。（《检论•议王》）明人王青萝云：“阳明之学过于高，惟甘泉所论，纯粹平正，上下皆可企及。”此论似较为公允。湛若水预见到阳明后学束书不观、空谈心性的弊端，故以其“知行并进”的教法救正之。但也正是由于其过于“平正”，湛学不像王学那般犀利而富有直指人心的力量，在后世的影响不及王学。不过，今天我们完全可以跳脱出传统理学的框架，从更多的角度来阅读湛若水：他不仅是理学家，还是著作等身的经学家、沉浮宦海数十载的官僚、中晚明大变革时代的参与者和记录者、推动岭南文化发展的乡贤。湛若水近百年的漫长人生中留下的丰富著述，是仍未充分开掘的宝藏。