1.取材固定:离体的组织不及时固定，组织就会自溶,抗原就会扩散。固定就是加入一些可以让蛋白质变性的物质(比如说甲醛),使得蛋白质的结构被固定住，不再发生变化,同时也不会再发生一些活性反应，这样才好做后续的染色步骤。常见固定液是 4%的多聚甲醛和饱和苦味酸。根据不同目的、组织特征代表性取材。取的材料应该小而薄。便于固定剂迅速渗入内部，一般厚度不超过 2mm，大小不超过 5x5mm²。每个组织最好多切几块新鲜组织古定(组织块不宜太大太厚，这样固定液很难进入里面，可能会导致在较短的时间内脱水不完全，引起一系列的问题，比如浸蜡不彻底，切片不好完成，切不完整。导致后来切片染色的脱落，造成染色的失败,组织块也不能大小,否则不能保证切片数量，且透明时间和浸蜡时间不能很好的把握着固定时间因固定剂种类而是大多 6-12 小时,一般不超过 12 小时。视组织固定的难易程度而定。后续如果做免疫组化，不应超过 12 小时;后续如果做 HE 染色，不应超过 24 小时。固定完之后用水洗之后可直接脱水包埋或放入 75%的乙醇4度可长期保存。
2.脱水:从75%的乙醇中取出，分别放到80%，90%,100%(Ⅰ)的乙醇中半小时，再放入100%乙醇中15min。固定完直接水洗包埋的,应从 70%乙醇开始，易碎组织从 50%乙醇开始。组织脱水时间不应过长，尤其是高浓度乙醇,要特别注意控制时间。
3.透明:透明的目的是置换组织内的脱水剂,为下一步浸蜡起到桥梁作用，二甲苯可以去除脂肪,乙醇+二甲米(1:1)2h:二甲苯（Ⅰ），二甲苯（Ⅱ）各10min
4.浸蜡:浸蜡目的是置换组织中的透明剂,为包埋作准备。二甲苯+石蜡(1:1)2h;石蜡(Ⅰ)1h;石蜡(Ⅱ)2h。
5.包埋:在冰盒上进行，将融好的纯蜡倒入蜡盒由于蜡盒底部与冰盒接触，底部的蜡会先凝固,这样就可以把组织用镊子夹住立在底部。然后继续将蜡盒倒满，便干切片机夹住蜡块。待蜡块完全凝固，包埋就完成了。